分段故障

Question

我在UNIX机器上使用python 2.4.4（旧机器，无法做任何事情）。我是python /编程的新手，以前从未使用过UNIX机器。这就是我想要做的事情：

1. 从FASTA文件（蛋白质+核苷酸）中提取单个序列到临时文本文件。
2. 将此临时文件提供给名为＆＃39; threader＆＃39;
的程序
3. 将threader的输出（称为tempresult.out）附加到名为results.out
的文件中
4. 删除临时文件。
5. 删除tempresult.out文件。
6. 使用下一个FASTA序列重复。

到目前为止，这是我的代码：

import os
from itertools import groupby

input_file = open('controls.txt', 'r')
output_file = open('results.out', 'a')

def fasta_parser(fasta_name):
input = fasta_name
parse = (x[1] for x in groupby(input, lambda line: line[0] == ">"))
for header in parse:
    header = header.next()[0:].strip()
    seq = "\n".join(s.strip() for s in parse.next())
    yield (header, '\n', seq)

parsedfile = fasta_parser(input_file)

mylist = list(parsedfile)

index = 0

while index < len(mylist): 
    temp_file = open('temp.txt', 'a+')
    temp_file.write(' '.join(mylist[index]))    
    os.system('threader' + ' temp.txt' + ' tempresult.out' + ' structures.txt')
    os.remove('temp.txt')
    f = open('tempresult.out', 'r')
    data = str(f.read())
    output_file.write(data)   
    os.remove('tempresult.out')
    index +=1


output_file.close()
temp_file.close()
input_file.close()

当我运行此脚本时，我收到错误＆＃39; Segmentation Fault＆＃39;。从我收集的内容来看，这与我一起弄乱记忆，我不应该弄乱（???）。我认为它与临时文件有关，但我不知道如何解决这个问题。

非常感谢任何帮助！

谢谢！

更新1： 当我像这样多次给它相同的序列时，Threader工作正常：

import os


input_file = open('control.txt', 'r')
output_file = open('results.out', 'a')

x=0

while x<3:    
    os.system('threader' + ' control.txt' + ' tempresult.out' + ' structures.txt')
    f = open('tempresult.out', 'r')  
    data = str(f.read())
    output_file.write(data)    
    os.remove('result.out')
    x += 1


output_file.close()
input_file.close()

更新2：如果其他人收到此错误。我忘了在调用threader程序之前关闭temp.txt。