生成每列一个条形的条形图（将列转换为组）

Question

我试图从此测试数据集（practice_dataset.csv）生成R中的图表：

genes,cell1,cell2,cell3,cell4
gene1,14,10,20,3
gene2,12,5,3,0
gene3,8.5,3,5,0
gene4,13,0,0,0
gene5,2.5,7.5,1,10

我想显示每个细胞存在多少个基因（gene1-gene5）的数量，其值大于0。我使用colSums（数据＆gt; 0）来汇总列，但我不明白如何告诉R每列是一个组。这就是我的代码目前的样子：

setwd("~/.../...")

library(ggplot2)

pdf("testplot.pdf", w=20, h=7)

#Load dataset
data <- read.table("practice_dataset.csv",
                   sep=",",
                   header=TRUE)

# Summarize the number of genes with a value of >0 for each column
genes.no <- colSums(data > 0)

# Generate bar plot with one bar of genes.no per cell/column 
geom_bar(genes.no)

dev.off()

Answer 1

我们可以使用barplot中的base R。如果“基因”是第一列，我们需要在执行colSums时删除该列，因为它是非数字的（data[-1]）。并执行barplot。

barplot(colSums(data[-1] >0))

如果我们想要使用ggplot执行此操作，我们可以使用gather（来自tidyr）将'wide'格式转换为'long'，获取sum 'Val'按'Var'分组，并使用ggplot语法得到条形图。

library(ggplot2)
library(tidyr)
library(dplyr)
gather(data, Var, Val, -genes)  %>%
          group_by(Var) %>% 
          summarise(Val= sum(Val>0)) %>% 
          ggplot(., aes(x=Var, y=Val)) +
                  geom_bar(stat="identity")