Question

对于文件夹function request(id) { // return the AJAX promise return $.ajax({ url: '<secret URL to Parse Database>' + id, dataType: 'json', async : true }); } function sendTheRequest(ids,....) { // you probably don't need this filter if you go the promise route const id = ids.filter(function(item, pos) { return ids.indexOf(item) == pos; }) return request(id).then(function(response){ // deal with your returned data // conditional. if still 'ids', do recursive, call again if(ids.length) sendTheRequest(ids,...) }); } function putAllIds(ids){ return sendTheRequest(ids); } putAllIds().done(function(res) { console.log(res); }中的所有文件，我想组合列，如我的示例所示。我想将列c（“mir”，“seq”，“mism”，“add”，“t5”，“t3”）组合为输出中的rownames，并将miraligner组合为相应输入的列文件。我不知道如何为多个输入文件执行此操作

"freq"

输出

> setwd("~/miraligner/")
> file_list <- list.files(pattern = "*.mirna")
> head(file_list)

[1] "1_JH_F12_S41.mirna"   "107_MAE_E7_S11.mirna" "108_IME_A8_S23.mirna" "109_GW_B11_S27.mirna" "111_PH_H1_S77.mirna" 
[6] "116_TH_E6_S10.mirna" 

> head(1_JH_F12_S41.mirna)
                       seq          name freq             mir start end mism   add t5  t3       s5       s3    DB
1    TGGAGTGTGATAATGGTGTTT seq_100003_x4    4  hsa-miR-122-5p    15  35 11TC     0  0   g GCTGTGGA TTTGTGTC miRNA
2 TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT seq_100045_x4    4  hsa-miR-30d-5p     6  29 17CT     0  0  CT TTGTTGTA GAAGCTGT miRNA
3   CTAGACTGAAGCTCCTTGAAAA seq_100048_x4    4 hsa-miR-151a-3p    47  65    0 I-AAA  0  gg CCTACTAG GAGGACAG miRNA
4   AGGCGGAGACTTGGGCAATTGC seq_100059_x4    4   hsa-miR-25-5p    14  35    0     0  0   C TGAGAGGC ATTGCTGG miRNA
5    AAACCGTTACCATTACTGAAT seq_100067_x4    4    hsa-miR-451a    17  35    0  I-AT  0 gtt AAGGAAAC AGTTTAGT miRNA
6   TGAGGTAGTAGCTTGTGCTGTT seq_10007_x24   24   hsa-let-7i-5p     6  27 12CT     0  0   0 TGGCTGAG TGTTGGTC miRNA
     precursor ambiguity
1  hsa-mir-122         1
2  hsa-mir-30d         1
3 hsa-mir-151a         1
4   hsa-mir-25         1
5 hsa-mir-451a         1
6   hsa-let-7i         1

这是我的开始：

ID                                                  freq_file1  freq_file2  freq_file3
hsa-miR-122-5p_TGGAGTGTGATAATGGTGTTT_11TC_0_0_g     4          2           12
hsa-miR-30d-5p_TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT_17CT_0_0_CT 4          12          5

Answer 1

我要做的是以下几点：
读取data.frame中的每个文件，
删除不必要的列，（x.column <- NULL）然后使用合并函数在需要的地方添加列

help(merge)

确保使用正确的＆＃34;全部＆＃34;参数（即，即使第一个文件中不存在该行，您是否希望将freq保留在第二个文件的行中？）

合并文件夹中不同长度的多个文件

1 个答案: