在python中提取字符串的一部分

Question

我有一个.txt文件，其序列非常长RNAm。我不知道序列的确切长度。

我需要做的是提取有效序列的一部分，这意味着它以“AUG”开头，以“UAA”“UAG”或“{结尾{1}}”。由于序列太长，我不知道任何字母的索引或有效序列的位置。

我需要将新序列保存在另一个变量中。

Answer 1

基本上，你需要做的是，不用为你编码整个事情，是：

示例字符串：

rnaSequence = 'ACGUAFBHUAUAUAGAAAAUGGAGAGAGAAAAUUUGGGGGGGAAAAAAUAAAAAGGGUAUAUAGAUGAGAGAGA'

你会想要找到'AUG'的索引和'UAA'，'UAG'或'UGA'的索引..这样的东西

rnaStart = rnaSequence.index(begin)

然后，您需要将字符串的切片设置为新变量

rnaSubstring = rnaSequence[rnaStart:rnaEnd+3]

在上面的字符串中，返回：

AUGGAGAGAGAAAAUUUGGGGGGGAAAAAAUAA