我正在尝试使用热图在R中工作,但我注意到彩色地图的一些相当不稳定的行为。来自数据的小提取物:
data = matrix(c(0,0,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0),5,5,byrow=TRUE)
这产生一个5x5矩阵,其中三行被所有2个占据,全部为1和全部为0。但是,当我尝试应用颜色贴图时,我会在所有这三行上获得纯白色,而不是预期的不同颜色。
library(RColorBrewer)
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA)
这不是选择的色彩图,当我保留默认的色彩图时,我会观察到类似的行为。这里发生了什么,我怎么让它消失?我希望0是一种颜色,1是一种颜色,2是一种颜色。在大范围内,我还需要能够将单独计算的树形图添加到行/列,由于我无法控制的原因,树形图无法转换为hclusts,这使得pheatmap不是一个直接可行的解决方案。