R热图 - 如何获得统一的彩色图?

时间:2016-03-17 15:31:05

标签: r heatmap

我正在尝试使用热图在R中工作,但我注意到彩色地图的一些相当不稳定的行为。来自数据的小提取物:

data = matrix(c(0,0,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0),5,5,byrow=TRUE)

这产生一个5x5矩阵,其中三行被所有2个占据,全部为1和全部为0。但是,当我尝试应用颜色贴图时,我会在所有这三行上获得纯白色,而不是预期的不同颜色。

library(RColorBrewer)
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA)

The resulting heatmap

这不是选择的色彩图,当我保留默认的色彩图时,我会观察到类似的行为。这里发生了什么,我怎么让它消失?我希望0是一种颜色,1是一种颜色,2是一种颜色。在大范围内,我还需要能够将单独计算的树形图添加到行/列,由于我无法控制的原因,树形图无法转换为hclusts,这使得pheatmap不是一个直接可行的解决方案。

1 个答案:

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提交此问题后,我立即找到了热图的缩放选项。因此解决方案变为:

heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA,scale="none")

As intended

道歉,我将展示自己