Question

我有一个R脚本，它根据输入数据计算一个图。

输入数据和输出文件应具有相同的文件名，只有文件扩展名应该不同。

例如，R脚本应使用文件data.csv并生成图data.png。

然而，这不起作用：

library(optparse)

option_list = list(
  make_option(c("-i", "--in_file"), type="character", default=NULL,
              help="input file", metavar="filename"),
  make_option(c("-o", "--out_file"), type="character",
              default=paste(opt$infile, ".png", sep=""),
              help="output file [default= %default]", metavar="filename")
  )

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list)
opt = parse_args(opt_parser)

由于找不到opt（data.png和data.csv.png都未创建），因此会显示错误消息。

Error in paste(opt$infile, ".png", sep = "") : object 'opt' not found

任何想法如何解决这个问题？

编辑：忘记从代码中复制两行，现在代码已经完成。

我知道找不到opt，因为它是后来定义的。但是，我的问题仍然存在：如果没有给出其他值，我如何确保输出文件具有相同的文件名（扩展名除外）作为输入文件？

Answer 1

不确定它是否相关，但是＆＃34;设置＆＃34;应该用＆＃34; sep＆＃34;在你的粘贴调用。

Answer 2

或许将默认设置为NULL，稍后在代码中使用 if（is.null（opt $ out_file））opt $ out_file＆lt; - gsub（＆＃34; \ .csv $＆＃34;，＆＃34; .png＆＃34;，选择$ in_file中）

@baptiste：谢谢您的解决方案。

make_option(c("-o", "--out_file"), type="character",
            default=NULL, ...)
...
opt$out_file <- gsub("\\.csv$", ".png", opt$in_file)

R optparse：具有相同前缀的输入和输出文件

2 个答案: