为什么我只能从我的主目录在Mac OS X上从终端运行我的python？

Question

当我从Mac OS X El Capitan上的终端运行我的.py文件时，从主目录python <filename>.py键入/Users/username/Desktop，它运行正常，但是当我运行相同的命令时。 py文件位于子文件夹/Users/username/Destop/subfolder中，它不起作用，它表示无法导入.py文件中的模块。

我的.bash_profile有以下一行

if which -s brew ; then
    #PATH="/usr/local/bin:/usr/local/sbin:$PATH"
    PATH="/usr/local/bin:/usr/local/sbin:$PATH"
    #PYTHONPATH="/usr/local/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH"
fi

当我输入which python时，它会显示/usr/local/bin/python。如果我通过在终端给出

上键入'python'来输入python，模块导入正常

Python 2.7.11 (default, Jan 22 2016, 08:29:18) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 7.0.2 (clang-700.1.81)] on darwin

使用以下sys.path

 ['', '/usr/local/Cellar/python/2.7.11/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip', ...]

当我使用以下代码运行python script.py时测试sys.path

import sys
print sys.path

在终端上，我得到了

['/Users/username/Desktop/subfoler', '/usr/local/Cellar/python/2.7.11/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip', ...]

我应该修改什么才能通过键入python <filename>.py直接在终端上的子文件夹中运行python？