Question

我用f2py包装了一些fortran代码。这是fortran代码：

MODULE iteration
implicit none
contains

SUBROUTINE iterate(alpha, beta, e, es, rank, omega, smearing, prec, max_step)
    REAL(kind=8), INTENT(in) :: omega, smearing, prec
    INTEGER :: max_step, step, rank, cnt
    COMPLEX(kind=16) :: alpha(rank,rank), beta(rank,rank), omega_mat(rank, rank), green(rank, rank)
    COMPLEX(kind=16), INTENT(inout) ::  e(rank,rank), es(rank,rank)
    step = 0
    omega_mat = 0
    DO cnt=1, rank
        omega_mat(cnt, cnt) = 1.0
    ENDDO
    omega_mat = omega_mat * (omega + (0.0, 1.0) * smearing)
    DO WHILE (minval(abs(alpha)) .gt. prec .or.  minval(abs(beta)) .gt. prec .and. step .lt. max_step)
        green = zInverse(rank, omega_mat - e)
        e = e + matmul(alpha, matmul(green, beta)) + matmul(beta, matmul(green, alpha))
        es = es + matmul(alpha, matmul(green, beta))
        alpha = matmul(alpha, matmul(green, alpha))
        beta = matmul(beta, matmul(green, beta))
        step = step + 1
    ENDDO
END SUBROUTINE iterate

FUNCTION zInverse(n, a)  result(ra)
    INTEGER :: n,lda,ipiv(n),info,lwork
    COMPLEX(kind=16)::a(n,n),ra(n,n),work(n)
    ra=a
    lwork=n
    lda=n
    CALL zgetrf(n, n, ra, lda, ipiv, info)
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetrf!'
    CALL zgetri(n, ra, lda, ipiv, work, lwork, info)
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetri!'
END FUNCTION zInverse
END MODULE iteration

然后我使用f2py -L/usr/lib -llapack -m pyiteration -c iteration.F90编译代码，并使用

进行测试

import numpy as np
import pyiteration
alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex')
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex')
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex')
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex')
# f2py is automatically generating rank for me
pyiteration.iteration.iterate(alpha,beta, e, es, 1.0, 0.001, 0.001, 100)

但是，我收到以下错误：ValueError: failed to initialize intent(inout) array -- input not fortran contiguous。

我用Google搜索并发现f2py会自动使阵列fortran连续。那么这里发生了什么？

Answer 1

您必须使用order='F'将数组创建为Fortran-contiguous，以便：

alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F')
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F')
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F')
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F')

Answer 2

在Fortran中创建的数组（即out）将以Fortran连续返回。但是，我的理解是所有传入的数组（即in和inout）必须在Python中指定为Fortran连续。如果f2py将它们从C更改为F连续，那可能意味着创建一个副本，这将占用额外的内存，这不是非常有效。

要解决此问题，您需要做的只是为order='F'次来电添加np.array kwarg。

Answer 3

我也遇到了这个fortran contiguous错误，并通过将intent(intout)签名文件中的intent(in)更改为.pyf来消除此错误，例如：

real(kind=8) dimension(:,:),intent(in) :: kernel
integer dimension(:,:),intent(in) :: kernelmask

根据代码，

kernel和kernelmask都是intent(in)，但生成的f2py .pyf会为intent(inout)提供{{1}}。纠正这个以某种方式解决了连续的错误。它可能不适用于其他情况，但考虑到那么少的信息你可能想尝试类似的问题尝试。

f2py：输入不是fortran连续的

3 个答案: