脚本

Question

我想编写一个使用gromacs程序的MPI脚本，我希望每个任务都改变输入数据（每个任务的输出都是前一个任务的结果）。我把一段脚本复制结果* .dat复制到copyfile.sh

    cat <<EOF > copyfile.sh
#!/bin/sh
cp -p result*.dat $SLURM_SUBMIT_DIR
EOF

chmod u+x copyfile.sh
srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES cp copyfile.sh $SNIC_TMP

.....
srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES copyfile.sh

因为我是新手，所以我收到了很多错误消息，所以我想确保这些任务首先运行良好。

Answer 1

您发布的代码似乎与SLURM作业更相关，根本没有MPI代码。

话虽这么说，你发布的剧本似乎

  

cat＆lt; copyfile.sh

     

＃！/ bin / sh的

     

cp -p result * .dat $ SLURM_SUBMIT_DIR

     

EOF

1. 创建一个copy_file.sh，将结果* .dat文件从本地磁盘复制到$ SLURM_SUBMIT_DIR目录。

  

chmod u + x copyfile.sh

1. 授予copyfile.sh执行权限，以便您可以调用此bash脚本。

  

srun -n $ SLURM_NNODES -N $ SLURM_NNODES cp copyfile.sh $ SNIC_TMP

1. 在SLURM_NNODES环境变量指向的节点数上生成一个cp命令，以便将copyfile.sh复制到目录$ SNIC_TMP
中

  

.....

1. 无论指定的其他命令是什么。

  

srun -n $ SLURM_NNODES -N $ SLURM_NNODES copyfile.sh

1. 在SLURM_NNODES环境变量指向的节点数上生成copyfile.sh的执行

因此，在执行所有这些步骤之后，您应该将结果* .dat文件复制到分配给SLURM作业的每个计算节点上的$ SLURM_SUBMIT_DIR目录中。