Question

我正在尝试编辑一些fastq文件。

基本上我想改变：

@SRX1409044.10.1 10 length=80

为：

@SRX1409044.10/1 10 length=80

表示文件中包含.1的每一行。

我尝试过使用sed：

sed 's#.1#/1#g'

适用于大多数行，但适用于以下行：

@SRX1409044.11.1 11 length=80

我明白了：

@SRX1409044./1/1 /1 length=80

我有一个搜索周围，我想我可能要逃避特殊字符？我遇到的每一篇文章都只提供了自己交换特殊字符的例子，所以我不太清楚如何去做。

Answer 1

小数点.将转义为\.

我认为您的问题是需要区分单个数字和两位数。

如果您的数字不超过2位，最简单的方法是重复两次正则表达式，例如：

[0-9][0-9]

匹配任何2位数字或数字序列。

因为我不知道你使用的是哪种版本的 sed ，以及它的增强功能是什么。

此外，我不确定你想接受什么，以及你想拒绝什么。

Answer 2

此命令将第一次出现的.1 （每个行上的一个点后跟一个1和一个空格）更改为/1 - 注意转义的.：< / p>

sed 's|\.1 |/1 |' infile

对于示例输入文件，例如

@SRX1409044.10.1 10 length=80
@SRX1409044.12.1 10 length=80
@SRX1409044.14.1 10 length=80
@SRX1409044.15.1 10 length=80
@SRX1409044.990.1 10 length=80

结果是

@SRX1409044.10/1 10 length=80
@SRX1409044.12/1 10 length=80
@SRX1409044.14/1 10 length=80
@SRX1409044.15/1 10 length=80
@SRX1409044.990/1 10 length=80

现在，如果.1也可能在一行的末尾，我们必须稍微更改命令，因为我们现在需要一个空格：

sed 's#\.1\( \|$\)#/1\1#' infile

这是＆＃34; .1后跟空格或行尾，替换为/1以及.1＆＃34;之后的任何内容。例如：

$ sed 's#\.1\( \|$\)#/1\1#' <<< 'SRX1409044.116884523.1'
SRX1409044.116884523/1

使用sed替换包含特殊字符的字符串

2 个答案: