Question

我试图在R中使用gcc（c ++）编译模型（使用TMB包）。错误是如此之多，以至于在Rstudio中，我甚至无法向上滚动以查看它们的开头。因此，我想将控制台中的所有内容（消息，错误和警告）打印到文本文件中。这样我也可以比较不同的模型输出（或者特别是它们的失败）。

我尝试了以下事项：

fileConn<-file("Fail.txt")
writeLines(compile("Mymodel.cpp"), fileConn) 
close(fileConn)

=＆GT;给我一个空文件（我或多或少地预期）

zz <- file("Fail.txt", open = "wt")
sink(zz, type = "message")
compile("Mymodel.cpp")
sink()

=＆GT;只打印最终错误

我忽略了什么？

Answer 1

您还没有提供compile()函数，但我认为它运行的系统命令调用g++来编译Mymodel.cpp。

在这种情况下，g++进程会将其错误输出打印到stderr。使用R捕获此输出的唯一方法是使用stderr=T调用system2()。请注意，system()无法直接捕获stderr（尽管它可以通过intern=T捕获stdout，并且您可以将2>&1添加到shell命令以捕获stderr，因此这是另一个可行的选择）。 sink()不捕获系统命令输出;它只捕获R输出。

我建议将compile()函数中的可变参数传递给system2()调用，从而参数化调用compile()是否会导致g++的stderr运行到终端或compile()功能的返回值。以下是如何做到的：

write('error!','test1.cpp'); ## generate a test file with invalid C++
compile <- function(file,...) system2('g++',file,...);
compile('test1.cpp'); ## output lost to the terminal
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
output <- compile('test1.cpp',stdout=T,stderr=T); ## capture output
## Warning message:
## running command ''g++' 'test1.cpp' 2>&1' had status 1
output;
## [1] "test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type"
## [2] " error!"
## [3] " ^"
## attr(,"status")
## [1] 1
write(output,'output.txt'); ## write output to a text file
cat(readLines('output.txt'),sep='\n'); ## show it
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^

如果您确实想要捕获compile()函数中生成的所有输出，那么您可以将上述解决方案与sink()结合使用，如下所示：How to save all console output to file in R?

在这种情况下，我建议废除可变参数的想法并使用一个额外的参数到compile()，这将获取将写入所有输出的输出文件名。

这将需要对附加参数缺失的几个预测：

write('error!','test1.cpp'); ## generate a test file with invalid C++
compile <- function(file,outputFile) {
    if (!missing(outputFile)) {
        outputCon <- file(outputFile,'wt'); ## require file name
        sink(outputCon);
        sink(outputCon,type='message'); ## must sink messages separately
        warn.old <- options(warn=1)$warn; ## necessary to capture warnings as they occur
    }; ## end if
    cat('some random output 1\n');
    if (!missing(outputFile)) {
        output <- system2('g++',file,stdout=T,stderr=T); ## before flush to get warnings
        sink(); ## force flush before appending system command output
        sink(type='message');
        outputCon <- file(outputFile,'at'); ## must reopen connection for appending
        write(output,outputCon);
        sink(outputCon);
        sink(outputCon,type='message');
    } else {
        system2('g++',file);
    }; ## end if
    cat('some random output 2\n');
    if (!missing(outputFile)) {
        sink();
        sink(type='message');
        options(warn=warn.old);
    }; ## end if
}; ## end compile()
compile('test1.cpp'); ## output lost to the terminal
## some random output 1
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
## some random output 2
compile('test1.cpp','output.txt'); ## internally capture all output
cat(readLines('output.txt'),sep='\n'); ## show it
## some random output 1
## Warning: running command ''g++' test1.cpp 2>&1' had status 1
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
## some random output 2

Answer 2

这是一个老问题，但我找到了一个简单的解决方案来获取TMB::compile的日志文件输出，这是我在其他任何地方都找不到的。
如上所述，sink（）不捕获系统命令输出;它只捕获R输出。但是，库compile中函数TMB中未列出的任何参数都将作为Makeconf变量传递。因此，您只需要以字符串格式传递带有指向日志文件路径的经典输出命令：

TMB::compile(file = "Mymodel.cpp", "&> /tmp/logfile.log")

将G ++编译错误消息从TMB库导出到文本文件

2 个答案: