如何使用基图避免过度绘图（对于点）？

Question

我正在完成论文的图表并决定（after a discussion on stats.stackoverflow），以便传输尽可能多的信息，以创建下面的图表，在前景中呈现均值和原始数据的背景：

然而，一个问题仍然存在，那就是过度绘图。例如，标记点看起来像是反映了一个数据点，但实际上在该位置存在5个相同值的数据点。
因此，我想知道是否有办法使用base graph作为函数来处理points中的过度绘图。
如果例如各个点变暗或变厚，或者......

，那将是理想的

手动执行此操作不是一种选择（图表和点数太多）。此外，ggplot2也不是我想学习处理这个单一问题的原因（一个原因是我倾向于喜欢ggplot2中不支持的双轴。）

---

更新我编写了一个自动创建上述图表的函数，并通过添加垂直或水平抖动（或两者）来避免过度绘图：check it out!

此功能现在raw.means.plot和raw.means.plot2 plotrix包中提供（在CRAN上）。

Answer 1

标准方法是在绘图之前为数据添加一些噪声。 R有一个函数jitter（）就是这样。您可以使用它向绘图中的坐标添加必要的噪声。例如：

X <- rep(1:10,10)
Z <- as.factor(sample(letters[1:10],100,replace=T))

plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n")
axis(1,at=1:10,labels=levels(Z))

Answer 2

除了抖动之外，另一个好的方法是alpha混合，你可以获得（在支持它的图形设备上）作为第四个颜色参数。我提供了this SO question中两个直方图的“过度绘图”的示例。

Answer 3

显示点数的一般问题的另一个想法是使用地毯图（地毯函数），这会在边缘上放置小刻度线，可以显示有多少点贡献（仍然使用抖动或alpha混合关系）。这允许实际点显示它们的真实值而不是抖动值，但是地毯可以指示绘图的哪些部分具有更多值。

对于示例图，直接抖动或alpha混合可能是最好的，但在其他一些情况下，地图可能很有用。

Answer 4

您也可以使用sunflowerplot，但这里很难实现。我会使用alpha-blending，就像Dirk建议的那样。