划分配对的匹配列

时间:2016-03-07 11:35:43

标签: r

我有一个data.frame df,其匹配的列也已配对。匹配列在因子patient中定义。我想将匹配的列彼此分开。有什么建议怎么做?

我试过这个,但这并不考虑patient的配对。

m1 <- m1[sort(colnames(df)]
m1_g <- m1[,grep("^n",colnames(df))]
m1_r <- m1[,grep("^t",colnames(df))]
m1_new <- m1_g/m1_r
m1_new



head(df)

                                     na-008 ta-008  nc012   tb012        na020 na-018  ta-018 na020 tc020   tc093   nc093
hsa-let-7b-5p_TGAGGTAGTAGGTTGTGT          56         311      137         242     23    96    113    106    41   114
hsa-let-7b-5p_TGAGGTAGTAGGTTGTGTGG       208         656      350         713     49   476    183    246   157   306
hsa-let-7b-5p_TGAGGTAGTAGGTTGTGTGGT      631        1978     1531        2470    216  1906    732    850   665   909
hsa-let-7b-5p_TGAGGTAGTAGGTTGTGTGGTT    2760        8159     6067        9367    622  4228   2931   3031  2895  2974
hsa-let-7b-5p_TGAGGTAGTAGGTTGTGTGGTTT   1698        4105     3737        3729    219  1510   1697   1643  1527  1536

> head(patient)
$`008`
[1] "na-008" "ta-008"

$`012`
[1] "nc012" "tb012"

$`018`
[1] "na-018" "ta-018"

$`020`
[1] "na020" "tc020"

$`045`
[1] "nb045" "tc045"

$`080`
[1] "nb-080" "ta-080"

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