Question

我正在使用SImpleITK和ipython笔记本进行图像处理，因为我们知道imagej是simpleitk中的默认图像查看器。但我使用的图像类型是.mha和.mha不受imagej支持。为此，我必须使用斐济或imagej2。

我试图根据simpleitk常见问题解答中提到的说明将斐济作为默认图像查看器，但未获得成功并显示以下消息：

我想知道我在做什么错误。

当我使用simpleitk和ipython笔记本时，如何将斐济或imagej2作为所有类型图像的默认图像查看器。

感谢。

Answer 1

在我看来，你的STIK_SHOW_COMMAND变量中仍有ImageJ，而你的fiji文件夹中找不到该变量。再次阅读说明。我假设你并没有很好地遵循它们。您的变量应包含新的图像查看器，而不包含其他文件夹中的ImageJ。

Answer 2

尝试使用系统变量SITK_SHOW_EXTENSION更改文件的扩展名，并尝试使用SITK_SHOW_COMMAND向可视化软件提供命令。在我的.bash_profile中我有：

export SITK_SHOW_COMMAND='itksnap'

可以使用？sitk.Show（）。

获得其他说明

Answer 3

尝试更改＆＃34;％F＆＃34;到＆＃34;％f＆＃34;。它区分大小写。或者实际上，你可以把它关掉。如果没有＆＃34;％f＆＃34;它只是将文件名放在命令行的末尾。

此外，您可以使用SimpleITK / ImageJ来查看MHA文件。无论输入图像如何，当调用Show时，SimpleITK实际上会默认写出Nifti文件。