Question

我有一个值为0或1的矩阵，我想获得一个相邻1的组列表。

例如，矩阵

mat = rbind(c(1,0,0,0,0),
            c(1,0,0,1,0),
            c(0,0,1,0,0),
            c(0,0,0,0,0),
            c(1,1,1,1,1))

> mat
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    0    0    0    0
[2,]    1    0    0    1    0
[3,]    0    0    1    0    0
[4,]    0    0    0    0    0
[5,]    1    1    1    1    1

应返回以下4个连接组件：

C1 = {（1,1）;（2,1）}

C2 = {（2,4）}

C3 = {（3,3）}

C4 = {（5,1）;（5,2）;（5,3）;（5,4）;（5,5）}

有人知道如何在R中快速完成吗？我的真实矩阵确实相当大，如2000x2000（但我希望连接组件的数量相当小，即200）。

Answer 1

通过更新，您可以将二进制矩阵转换为栅格对象并使用 clumps 功能。然后只是数据管理才能返回您想要的确切格式。示例如下：

library(igraph)
library(raster)

mat = rbind(c(1,0,0,0,0),
            c(1,0,0,1,0),
            c(0,0,1,0,0),
            c(0,0,0,0,0),
            c(1,1,1,1,1))
Rmat <- raster(mat)
Clumps <- as.matrix(clump(Rmat, directions=4))

#turn the clumps into a list
tot <- max(Clumps, na.rm=TRUE)
res <- vector("list",tot)
for (i in 1:tot){
  res[i] <- list(which(Clumps == i, arr.ind = TRUE))
}

然后在控制台打印出res：

> res
[[1]]
     row col
[1,]   1   1
[2,]   2   1

[[2]]
     row col
[1,]   2   4

[[3]]
     row col
[1,]   3   3

[[4]]
     row col
[1,]   5   1
[2,]   5   2
[3,]   5   3
[4,]   5   4
[5,]   5   5

如果有更好的方法从光栅对象到最终目标，我不会感到惊讶。同样，2000年到2000年的矩阵对此不应该是一个大问题。

旧（错误答案），但对于想要图表的连接组件的人来说应该是有用的。

您可以使用igraph包将您的邻接矩阵转换为网络并返回组件。您的示例图是一个组件，因此我删除了一条边以进行说明。

library(igraph)
mat = rbind(c(1,0,0,0,0),
            c(1,0,0,1,0),
            c(0,0,1,0,0),
            c(0,0,0,0,0),
            c(1,1,1,1,1))
g  <- graph.adjacency(mat) %>% delete_edges("5|3")
plot(g)
clu <- components(g)
groups(clu)

最后一行然后在提示符处返回：

> groups(clu)
$`1`
[1] 1 2 4 5

$`2`
[1] 3

我使用这个算法的经验非常快 - 所以我认为2,000比2000不会成为问题。

获取R中的连通组件

1 个答案: