我试图在HPC群集中运行R程序myscript.R
。这是我的脚本job.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q vshort
#PBS -e error.e
#PBS -o error.o
#PBS -N R1
#PBS -V
cd /home/suryamukhi
Rscript myscript.R
我的myscript.R
包含代码
print("hello world")
当我使用qsub job.sh
提交作业时,我收到错误Rscript not found
。我甚至试过module load R
。但我得到了错误module not found
。我在这里无法理解错误。这里有关于OS和R版本的一些信息。
platform x86_64-pc-linux-gnu
arch x86_64
os linux-gnu
system x86_64, linux-gnu
status
major 3
minor 2.3
year 2015
month 12
day 10
svn rev 69752
language R
version.string R version 3.2.3 (2015-12-10)
nickname Wooden Christmas-Tree
我编辑了job.sh
文件,如下所示
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q vshort
#PBS -e error.e
#PBS -o error.o
#PBS -N R1
#PBS -V
cd /home/suryamukhi
/opt/softwares/Rsoftware/R-3.2.3/bin/R <myscript.R
现在我收到以下错误:
/opt/softwares/Rsoftware/R-3.2.3/bin/exec/R: error while loading shared libraries: liblzma.so.5: cannot open shared obj
ect file: No such file or directory
任何帮助都将不胜感激。