在HPC中提交作业时如何解决错误Rscript未找到错误

时间:2016-03-03 05:06:08

标签: r hpc

我试图在HPC群集中运行R程序myscript.R。这是我的脚本job.sh

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q vshort
#PBS -e error.e
#PBS -o error.o
#PBS -N R1
#PBS -V
cd /home/suryamukhi
Rscript myscript.R

我的myscript.R包含代码

print("hello world")

当我使用qsub job.sh提交作业时,我收到错误Rscript not found。我甚至试过module load R。但我得到了错误module not found。我在这里无法理解错误。这里有关于OS和R版本的一些信息。

platform       x86_64-pc-linux-gnu
arch           x86_64
os             linux-gnu
system         x86_64, linux-gnu
status
major          3
minor          2.3
year           2015
month          12
day            10
svn rev        69752
language       R
version.string R version 3.2.3 (2015-12-10)
nickname       Wooden Christmas-Tree

我编辑了job.sh文件,如下所示

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q vshort
#PBS -e error.e
#PBS -o error.o
#PBS -N R1
#PBS -V
cd /home/suryamukhi
/opt/softwares/Rsoftware/R-3.2.3/bin/R <myscript.R

现在我收到以下错误:

/opt/softwares/Rsoftware/R-3.2.3/bin/exec/R: error while loading shared libraries: liblzma.so.5: cannot open shared obj
ect file: No such file or directory

任何帮助都将不胜感激。

0 个答案:

没有答案