对每组文件重复命令

Question

我在一个名为ObiTools的程序中处理DNA序列数据。我想找到一种方法为同一文件夹中的每组文件重复一个命令。

例如，如果我有文件

Sequence_A1_R1.fastq,
Sequence_A1_R2.fastq,
Sequence_A2_R1.fastq,
Sequence_A2_R2.fastq,
etc.

我想为X的每个值运行以下命令，这样X始终是相同的值（不是不同值的组合）。

  

illuminapairedend Sequence_X_R1.fastq Sequence_X_R2.fastq＆gt; Sequence_X_pairedend.fastq

是否有可以轻松执行此操作的python脚本？

由于

Answer 1

假设您的文件位于 file_list 中并且已经在之前的Python代码中受到限制，您可以执行以下操作：

表示范围内的file_pos（0，len（file_list），2）：     command =“illuminapairedend”+               file_list [file_pos] +               file_list [file_pos + 1] +               “＆gt; Sequence_X_pairedend.fastq”     使用os.system（命令）

完整涵盖了最后一个命令here

只有在Python中获取文件列表时才最好。如果文件列表来自其他地方，那么在命令shell中编写脚本几乎肯定更好： bash ，例如。