根据日期

时间:2016-03-01 14:40:48

标签: r data.table zoo

(如果这里的某些术语已经关闭,我会道歉 - 我来自SQL背景,而我只是进入R世界)

我有一个包含一系列按日期排序的条目的数据表。数据表中的一个字段是分组值,一个是时间值。 由于数据已订购(或键入 - 我是R的新手并且仍然不确定差异),因此日期,我想计算,对于每一行,该组中的多行如何在当前行之前(包括在给定的时间范围内。

以下是我正在尝试使用Loblolly数据集的简化示例:

准备示例数据:

library(lubridate)
library(zoo)
library(data.table)
DT = as.data.table(Loblolly)
DT[,rd := Sys.time() + years(age)]
setkey(DT,Seed,rd)

现在我们有一个按种子(组)和rd(我的日期列)排序的数据表。我有一个解决方案,它将根据10年的间隔产生我的计数值(ct):

DT[,.ct:=mapply(function(x,y) DT[(rd>x-years(10) & rd<=x &Seed==y),.N],DT$rd,DT$Seed)]

这会在此示例数据集中生成所需的结果:

    height age Seed                  rd  ct
 1:   3.93   3  329 2019-03-01 13:38:00   1
 2:   9.34   5  329 2021-03-01 13:38:00   2
 3:  26.08  10  329 2026-03-01 13:38:00   3
 4:  37.79  15  329 2031-03-01 13:38:00   2
 5:  48.31  20  329 2036-03-01 13:38:00   2
 6:  56.43  25  329 2041-03-01 13:38:00   2
 7:   4.12   3  327 2019-03-01 13:38:00   1
 8:   9.92   5  327 2021-03-01 13:38:00   2
 9:  26.54  10  327 2026-03-01 13:38:00   3
10:  37.82  15  327 2031-03-01 13:38:00   2
...
...

但是,我需要将其扩展到大约500万条记录,大约10,000个组,并且在那里运行需要不可思议的长时间。有没有更快,更笨拙的方法来做我想做的事情?

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

这是使用data.table::foverlaps的可能解决方案。这里的想法是首先加入{Sys.time() - years(10), Sys.time() + years(age)}的整个范围。然后,仅计算差异小于= 10年的实例。

DT <- as.data.table(Loblolly)
DT[, c("rd", "rd2") := Sys.time() + years(age)] # create identical columns so foverlaps will work
setkey(DT, Seed, rd, rd2) # key by all for same reason
DT2 <- DT[, .(Seed, rd = rd - years(10), rd2, indx = .I)] # create minum range, create index to store row number
DT[, ct := foverlaps(DT, DT2)[i.rd > rd, .N, by = indx]$N] # run foverlaps, subset by condition and count
head(DT, 10)
#     height age Seed                  rd                 rd2 ct
#  1:   3.93   3  329 2019-03-01 22:59:02 2019-03-01 22:59:02  1
#  2:   9.34   5  329 2021-03-01 22:59:02 2021-03-01 22:59:02  2
#  3:  26.08  10  329 2026-03-01 22:59:02 2026-03-01 22:59:02  3
#  4:  37.79  15  329 2031-03-01 22:59:02 2031-03-01 22:59:02  2
#  5:  48.31  20  329 2036-03-01 22:59:02 2036-03-01 22:59:02  2
#  6:  56.43  25  329 2041-03-01 22:59:02 2041-03-01 22:59:02  2
#  7:   4.12   3  327 2019-03-01 22:59:02 2019-03-01 22:59:02  1
#  8:   9.92   5  327 2021-03-01 22:59:02 2021-03-01 22:59:02  2
#  9:  26.54  10  327 2026-03-01 22:59:02 2026-03-01 22:59:02  3
# 10:  37.82  15  327 2031-03-01 22:59:02 2031-03-01 22:59:02  2

编辑17/3/2017:

使用data.table v1.10.4 +,您现在可以使用非uqui联接与by = .EACHI结合使用。这基本上允许您使用>=<=加入,而不仅仅是精确连接,还可以在加入时运行计算(为了避免像您的情况那样的笛卡尔连接)并返回最终结果。所以在你的具体情况下你可以做到

DT[, rd10 := rd - years(10)]
DT[, ct := DT[DT, .N, on = .(Seed, rd <= rd, rd > rd10), by = .EACHI]$N]