Question

我有一个包含编号为

的文件的目录

1>chr1:2111-1111_mask.txt
1>chr1:2111-1111_mask2.txt
1>chr1:2111-1111_mask3.txt
2>chr2:345-678_mask.txt
2>chr2:345-678_mask2.txt
2>chr2:345-678_mask3.txt
100>chr19:444-555_mask.txt
100>chr19:444-555_mask2.txt
100>chr19:444-555_mask3.txt

每个文件在第一行包含>chr1:2111-1111之类的名称，在第二行包含一系列字符。我需要使用>之前的数字作为指南对数据库中的文件进行数字排序，使用_mask3执行每个文件的命令并使用。

我有这段代码

ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n | for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt
   do
    read FILE
     Do something with each file and list the results in output file including the name of the string
   done

它可以工作，但是当我检查输出文件中的字符串列表时，它们就像这样

>chr19:444-555
>chr1:2111-1111
>chr2:345-678

为什么？

Answer 1

所以......我不确定这里的“工作”是什么，就像你提出的问题一样。

好像你有两个问题。

您的文件未按排序顺序
文件名已删除前导数字

解决1，你的命令ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n | for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt在这里没有多大意义。您将从ls获取文件列表，然后将其传递给sort。这可能会为您提供所需的输出，但随后您将其输出到for，这没有任何意义。

实际上，您可以将整个脚本重写为

for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt
   do
    read FILE
     Do something with each file and list the results in output file including the name of the string
   done

你将拥有完全相同的输出。要对此进行排序，您可以执行以下操作：

for f in `ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n`
   do
    read FILE
     Do something with each file and list the results in output file including the name of the string
   done

对于意外截断，文件名中的>字符在bash shell中很重要，因为它将前面命令的stdout指向指定的文件。你需要确保当你在循环中使用变量$f时，你会在那个东西周围加上引号，以防止bash误解文件名command > file类型的东西。

对目录中的文件进行排序，然后对每个文件执行命令

1 个答案: