Question

我在/home/das/work/

中有一些子目录

我创建了一个脚本

#!/bin/bash
for i in *_K27me3.bed
do
intersectBed -wa -wb -a $i -b /home/das/work/mm9/mm9_prom_genes_2.5kb.bed | awk -v OFS='\t' {'print $1,$2,$3,$7,$8}' > `basename $i`_prom_genes_2.5kb.txt
done

它位于目录/home/das/work/

中

我使用的是以下命令，但无法正常工作。我想知道实现相同的两种不同方法，要么使用一个使用上述脚本作为函数的脚本，并且每次在父目录的子目录中运行它，或者如下所示分别调用上面的脚本。 / p> 假设在父目录/home/das/work

中，运行脚本的

命令

for f in *; do [ -d "$f" ] && cd "$f" && ./annotate_prom.sh;done;cd ..

运行上述命令时出现错误 -clustershell: ./annotate_prom.sh: No such file or directory

Answer 1

交换..和$job = $client->createJob(array( 'PipelineId' => 'MYPIPELINE', 'Input' => array( 'Key' => 'MYVIDEOKEY', 'FrameRate' => 'auto', 'Resolution' => 'auto', 'AspectRatio' => 'auto', 'Interlaced' => 'auto', 'Container' => 'auto', ), 'OutputKeyPrefix' => 'MYPREFIX/', 'Output' => array( 'Key' => 'MYNEWKEYNAME', 'ThumbnailPattern' => 'thumb-{count}', 'Rotate' => 90, 'PresetId' => 'MYPRESET', 'Watermarks' => [ [ 'InputKey' => 'MYOVERLAY', 'PresetWatermarkId' => 'BottomRight' ] ] ) ));并将{{1}}放在脚本路径的开头：

表示f in *;做[-d“$ f”]＆amp;＆amp; （cd“$ f”＆amp;＆amp; ../annotate_prom.sh）;完成

如何在单个根目录下为不同目录运行此脚本？

1 个答案: