Question

文件1：

col1 col2 col3 col4 ..... col 15

文件2：

col1 col2 col3 col4 ..... col 15

文件3：

col1 col2 col3 col4 ..... col 15 每列文件都有数据。

我需要比较三个文件的前四列，并输出文件3中的公共文件以及文件1 col5。

输出：

文件3（col1 col2 col3 col4 ..... col 15）+文件1（col5）

我的代码：

    #!/usr/bin/perl -w
    use strict;
    use warnings;

    my $file1 = $ARGV[0];
    my $file2 = $ARGV[1];
    my $file3 = $ARGV[2];

    if($file1 eq "" || $file2 eq "" || $file3 eq "")
    {
             print "Incomplete parameters!\n";
             exit;
    }

    open(FILE1, $file1);
    open(FILE2, $file2);
    open(FILE3, $file3);
    open my $f, '>', "output.txt" or die "Cannot open output.txt: $!";

    my @arr1=<FILE1>;
    my @arr2=<FILE2>;
    my @arr3=<FILE3>;
    close FILE1;
    close FILE2;
    close FILE3;
    my %chash;
    for (@arr1)
    {
            chomp;
            my($col1,$col2,$col3,$col4,$col5,$rest)=split(/\t/);
            my $ckey="$col1$col2$col3$col4";
            $chash{$ckey}=1;
    }

    for (@arr2)
    {
            chomp;
            my($hit1,$hit2,$hit3,$hit4,$hit5,$rest)=split(/\t/);
            my $ckey="$hit1$hit2$hit3$hit4";
            $chash{$ckey}++;
    }
    for (@arr3)
    {
            chomp;
            my($val1,$val2,$val3,$val4,$rest)=split(/\t/);
            my $ckey="$val1$val2$val3$val4";
            $chash{$ckey}++;
            if($chash{$ckey} == 3)
            {
                    # this key has been seen in both previous files
                    print $f "$_\n";
            }
    }

此代码仅提供公共行。任何正文帮我提取文件1 col5和File 3公共线。

Answer 1

到达print语句时，$ col5值超出范围。因此，以相反的顺序处理文件，以便在使用print语句时$ col5在范围内。

for (@arr3)
{
    chomp;
    my($val1,$val2,$val3,$val4,$rest)=split(/\t/);
    my $ckey="$val1$val2$val3$val4";
    $chash{$ckey} =1;
}
for (@arr2)
{
    chomp;
    my($hit1,$hit2,$hit3,$hit4,$rest)=split(/\t/); # you don't need $hit5 here
    my $ckey="$hit1$hit2$hit3$hit4";
    $chash{$ckey}++;
}
for (@arr1)
{
    chomp;
    my($col1,$col2,$col3,$col4,$col5,$rest)=split(/\t/);
    my $ckey="$col1$col2$col3$col4";
    $chash{$ckey}++;

    if($chash{$ckey} == 3)
    {
        # this key has been seen in both previous files
        print $f "$_, $col5\n"; # $col5 is in scope
    }
}

perl比较基于列和提取特定列的三个文件

1 个答案: