Question

我已成功启动了一个unix命令samtools view -h [path_to_file_of_interest]，在我的mac计算机上使用了一个subpocess命令（Popen） - 这是为了开发一个管道进程。这是在从views.py文件调用的django环境中完成的。

树

    pipe
      -myproject
         -myapp
            -views.py

然后，我必须在Linux计算机上重新开发该项目，该计算机具有最终将用于发布django站点的服务器。所以我通过电子邮件将zip文件发送给自己，并在linux机器上下载了管道目录。

问题：命令链工作正常，直到子进程调用samtools view -h [path_to_file_of_interest]。

当我使用相对路径命令时，我认为路径不会出现问题：

1         for file in os.listdir(settings.MEDIA_ROOT):
2             if file.endswith(".bam"):
3               bamfile = file
4
5               path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, bamfile) #path not working
6               print "testing",path #DEBUG
7               print "step-1" #DEBUG
8               print "step-2" #DEBUG
9               os.system("module load samtools/1.3") 
10              print "step-3" #DEBUG
11              print "step-4 - creating reads.sam" #DEBUG
12              with open("reads.sam", "w") as output:
13                  print 'start' #DEBUG
14                  a = subprocess.Popen(["samtools", "view", "-h", path], stdout=out)
16                  print 'middle'#DEBUG
17                  a.communicate()[0]

如上所述，这个过程在mac上工作正常但在linux环境中运行站点时，管道在子进程阶段失败，返回错误：

I/O operation on closed file

在行上评论为＆＃34; DEBUG＆＃34;我只是测试过程失败的地方（始终在第14行）。

在第9行，我为下载的samtools加载模块（虽然我不必在mac上执行此操作）。

在第14行，我还尝试在os.systems的位置使用Popen（并使用感兴趣的文件的绝对路径）但返回错误：

'file' object is not callable

不确定此错误是否源于变量＆＃39; file＆＃39;在第1行的for循环中设置，或者它只是另一个路径问题。

使用Popen的绝对路径返回相同的错误 - ＆＃34; I / O ....＆＃34;如上所述。

无论哪种方式，mac和linux之间的系统都以不同的方式处理命令/变量，我希望有人可以帮助我....

linux vs mac pathname不同地工作...关闭文件的I / O操作

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