如何在R中绘制二进制变量的簇？

Question

嗨！

我很想在R中使用kmeans和聚类。我一直在试图找出如何以漂亮和可呈现的方式可视化聚类。

我附上了一张数据表格的表格。有更多列变量，但此示例应该这样做。该数据最初来自调查，答案记录为0和1，然后相应地使用kmeans进行聚类。

我很感激有关如何绘制此内容的任何建议或帮助。

Answer 1

我认为最简单的方法是通过某种类型的排序，然后使用文本标签绘制排序，以指示数据点所在的群集。

我将使用纯素程序中包含的数据给出一个例子。我不会在协调之前包括标准化数据等步骤，也不会指出应该使用哪种排序方法。这取决于数据类型。

library(vegan)
data(varespec)
ord=metaMDS(varespec,k=3,engine="monoMDS") #create ordination
km=kmeans(varespec,3) #kmeans clustering with 3 groups
fig=ordiplot(ord) 
ordiplot(fig,type="n") #plot ordination
text(fig,"sites",km$cluster,cex=0.8) #add cluster membership as text

这会给你一些基本的东西，比如：

这可能不太漂亮，但很容易解释。