Boxplot层次聚类与Tukey多重比较均值

Question

我需要测试一些箱图的内容是否有显着差异，并将字母代码与每个组相关联。

例如像这样

包装的功能是否能够做到？

Answer 1

Tukey事后比较至少有两种不同的功能可以与ANOVA一起运行。

让我们说你的比较是：

f <- as.formula("Petal.Length ~ Species")

boxplot(f, iris) # here's your boxplot

fit <- lm(f, iris)

anova(fit) # the effect of Species is significant

av <- aov(f, iris)

（而不是Species，您将使用从hclust()获取的群集ID，而不是Petal.Length，您可以在y轴上使用FQI或任何您想要的内容。）

在基地R，你可以这样做：

post_hoc <- TukeyHSD(x=av, conf.level=0.95)
print(post_hoc)
plot(post_hoc)

并以这种方式查找重叠组（在此示例中它们不重叠）。

还有另一个实现为您提供了您正在寻找的组代码，但我不太熟悉它。

library("agricolae")
HSD.test(av, "iris$Petal.Length", console=TRUE)

我认为我没有正确的语法，因为它没有返回结果，但它应该可以帮助你开始。我想你会发现Anova and Tukey's Test on R上的这篇文章很有帮助 - 一个类似的例子，有更多的解释。

至于如何直接注释箱图，我想这可以通过将事后分组矢量传递到ggplot2::geom_text和geom_boxplot旁边来完成，但我不确定是否可以完成在基地boxplot()。