Question

编程newb / python newb，我的工作非常苛刻，所以我找到了很多空闲时间来教我自己如何编码。

我正在处理this rosalind.info问题。

到目前为止，这是我的代码：

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Jan 21 09:01:51 2016

@author: aseyedian
"""
codon = ''

q=0
with open('rosalind_prot.txt', 'r') as prot:
    bb = list(prot.read())

mylist = []   
for i in range(len(bb)):
     mylist.append(bb[i])


for i in range(0, len(bb),3):
    mylist[i] = [''.join(mylist[i:i+3])]

for i in range(1, len(mylist), 3):
    del mylist[i]

for i in range(2, len(mylist), 3):
    del mylist[i]

print mylist
#This is to create a list of codons which then are translated into amino acids

由于某种原因，

for i in range(1, len(mylist), 3):
        del mylist[i]

返回IndexError（列表赋值超出范围），但

for i in range(1, len(mylist), 3):
        mylist[i] = 'k'

将每一个列表成员变成字母＆＃39; k＆＃39;。这是为什么？

仅供参考，我现在尝试做的是将每个核苷酸放入一个列表中，然后将它们分组，然后在将它们合并到第一个列表成员后删除这两个列表成员，然后转到下一个密码子。

例如： [＆＃39; A＆＃39;，＆＃39; U＆＃39;＆＃39; G＆＃39;] - ＆gt; [[＆＃39; AUG＆＃39;]，＆＃39; U＆＃39;＆＃39; G＆＃39;] - ＆gt; [＆＃39; AUG＆＃39;]，[＆＃39; GCC＆＃39; （下一个密码子）]等......

Answer 1

从列表中删除项目时，它现在具有较少的项目。因此，其长度 - 1位置的列表不再存在。假设您有一个长度为4的列表。一旦您尝试访问位置2的列表，您已经删除了2个项目，并且列表中只剩下2个项目。现在列表在位置2没有任何内容。相反，只有del mylist[0]。

Answer 2

考虑一个长度为3的列表：

l = ['1', '2', '3']

不，我们使用range(len(l))迭代它：

for i in range(len(l)):
    print('i =', i)
    print('l[i] =', l[i])
    del l[i]

结果如下：

i = 0
l[i] = 1
i = 1
l[i] = 3
i = 2
------------------------------------
IndexError
<ipython-input-6-ab3e74355e73> in <m
      1 for i in range(len(l)):
      2     print('i =', i)
----> 3     print('l[i] =', l[i])
      4     del l[i]

IndexError: list index out of range

所以在第一次迭代中，你删除了第一个元素'1'，这使列表保持为['2', '3']

然后我们删除列表的秒元素，现在是'3'，列表变为['2', ]。

在第三次迭代中，i = 2但列表只有一个元素，因此我们得到索引错误。

解决方案是反过来：

for i in reversed(range(1, len(mylist), 3)):
        del mylist[i]

Answer 3

当您从中删除项目时，

mylist会发生更改 - 当您仍在使用基于其原始长度生成的索引时，它会包含较少的项目。

例如，

mylist = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E']

您的代码假设从列表中删除“B”和“E”（编号1和4），

for i in range(1, len(mylist), 3):
    del mylist[i]

然而，在第一次传递“B”被移除后，该列表变为['A'，'C'，'D'，'E']。此时此列表中只有4个项目，并且不再存在第4个项目。

您要做的是从原始列表中获取包含＃0，＃3，＃6，...项目的列表。你可以简单地使用这样的列表切片：

print mylist[0::3]

Answer 4

不要将bb复制到mylist，然后尝试修改mylist。只需从bb复制到mylist：

bb = 'AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA'
mylist = []
for i in range(0, len(bb), 3):
    mylist.append(bb[i:i+3])
print mylist

输出：

[＆＃39; AUG＆＃39;，＆＃39; GCC＆＃39;，＆＃39; AUG＆＃39;，＆＃39; GCG＆＃39;，＆＃39; CCC＆＃39;，＆＃39; AGA＆＃39;，＆＃39; ACU＆＃39;，＆＃39; GAG＆＃39;，＆＃39; AUC＆＃39;，＆＃39; AAU＆＃39;，＆＃39; AGU＆＃ 39;，＆＃39; ACC＆＃39;，＆＃39; CGU＆＃39;，＆＃39; AUU＆＃39;，＆＃39; AAC＆＃39;，＆＃39; GGG＆＃39;，＆＃ 39; UGA＆＃39;]

为什么在尝试删除时仍然会出现索引错误，当替换为字符时工作正常？

4 个答案: