使用caper在r中读取newick格式的系统发育

Question

我希望使用独立对比进行比较分析，我认为可以在猿中进行。我有一个新的格式的猫科动物的系统发育，当我尝试读取文件时，我得到以下错误：

  

PHY＆LT; -read.tree（＆＃34; phylogeny.txt＆＃34）                                                                               if（sum（obj [[i]] $ edge [，1] == ROOT）== 1＆amp;＆amp; dim（obj [[i]] $ edge）[1]＆gt;中的错误：     缺少需要TRUE / FALSE的值

任何人都可以非常友好地向我解释这个错误意味着什么？

亲切的问候， K.

编辑，newick字符串发布在下面：

<（>（（（Tiger_108，Snow leopard_024），（Jaguar_026，（Lion_127，Leopard_028））），（云豹leopard_25，（Sunda云豹leopard_036））），（（Serval_001，（Caracal_020，African golden cat_002）），（ （（Pampas cat_3，（TigrinaCA_13，（TigrinaSA_6，（Geoffroy＆＃39; s cat_003，Kodkod_003）））），（Andean mountain cat_1，（Margay_022，Ocelot_006））），（（（Bobcat_004，（Canadian lynx_3，（Eurasian lynx_001） ，Iberian lynx_2））），（Marbled cat_005，（Bay cat_2，Asian golden cat_8））），（（（Jungle cat_20，（Black-footed cat_0006，（Sand cat_8，（（European wild cat_007，Domestic cat_4804），（非洲）野生cat_0004，中国沙漠cat_5））））），（Pallas cat_65，（生锈斑点猫1，（平头cat_6，（钓鱼cat_02A，亚洲豹cat_054））））），（Cheetah_234，（Jaguarundi_5，Puma_28）） ）））））;

Answer 1

您的newick树有单个节点，read.tree无法处理。安装phytools库并改为使用read.newick功能。

请注意，您可能需要使用collapse.singles()折叠单个节点以执行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
# Read 1 item