我有一个数据框：
rawDataLogged
我有一个功能：
doForRow <- function(row) {
transpose <- t(row);
transpose <- transpose[like(row.names(transpose), "H.M")]
frame <- data.frame(transpose)
frame$BR <- c(1,1,2,2)
frame$TR <- c(1,2,1,2)
colnames(frame)[1] <- "Log2Ratio"
frame$Log2Ratio <- as.numeric(levels(frame$Log2Ratio))[frame$Log2Ratio]
summ <- summary(aov(Log2Ratio ~ BR + Error(TR), data=frame))
summ[[2]][[1]]["BR",]$'Pr(>F)'
}
如果我用数据框中的一行执行我的函数，我得到一个结果：
> doForRow(rawDataLogged[5,])
[1] 0.4973168
但是，如果我尝试使用'apply'来获取所有行的结果，则不起作用：
tmp <- apply(rawDataLogged, 1, doForRow)
Error in $<-.data.frame(*tmp*, "BR", value = c(1, 1, 2, 2)) :
replacement has 4 rows, data has 0
当我在自己的函数中放置一个断点时，我看到'row'是空的，因为似乎没有任何东西通过apply传递给我的函数。
为什么会发生这种情况的任何想法？我花了好几个小时试图自己解决这个问题，也许循环最简单，而不是应用家庭功能。我不知道为什么在没有任何行数据的情况下调用我的函数。
我在这个url：Link放置了一个包含'rawDataLogged'对象的R数据文件，可用于调试。使用dput创建的示例数据：Link
以下是来自str的转储，用于显示数据框的结构：
'data.frame': 1262 obs. of 15 variables:
$ Protein.IDs : Factor w/ 1262 levels "sp|A0AVT1|UBA6_HUMAN;tr|H0Y8S8|H0Y8S8_HUMAN",..: 654 190 894 196 834 268 474 1221 366 973 ...
$ Majority.protein.IDs : Factor w/ 1262 levels "sp|A0AVT1|UBA6_HUMAN",..: 654 190 894 196 834 268 474 1221 366 973 ...
$ Ratio.M.L.normalized.X1.1: num -0.27 -0.707 0.244 -0.728 -2.025 ...
$ Ratio.H.L.normalized.X1.1: num 0.0036 0.0588 -0.0886 0.1561 -0.0843 ...
$ Ratio.H.M.normalized.X1.1: num 0.339 0.66 -0.211 0.477 1.926 ...
$ Ratio.M.L.normalized.X1.2: num -0.132 -0.661 0.283 -1.045 -1.223 ...
$ Ratio.H.L.normalized.X1.2: num -0.07779 0.10273 -0.00251 -0.09755 0.18929 ...
$ Ratio.H.M.normalized.X1.2: num 0.0793 0.7718 -0.2657 0.9651 1.3532 ...
$ Ratio.M.L.normalized.X3.1: num -3.55 -2.08 -1.99 -1.98 -1.85 ...
$ Ratio.H.L.normalized.X3.1: num 0.1336 0.0777 -0.1014 -0.3478 -0.0259 ...
$ Ratio.H.M.normalized.X3.1: num -0.187 2.259 1.852 1.511 1.928 ...
$ Ratio.M.L.normalized.X3.2: num 0.106 -2.118 -1.864 -2.364 -1.847 ...
$ Ratio.H.L.normalized.X3.2: num 0.0141 0.0746 -0.0315 -0.1772 -0.0936 ...
$ Ratio.H.M.normalized.X3.2: num -0.143 2.248 1.842 2.279 1.758 ...
$ id : int 1369 564 2170 577 1966 700 1050 1357 855 2482 ...