Dicom - 规范化和标准化

时间:2016-02-19 13:06:51

标签: dicom

我是医学成像领域的新手 - 并试图解决这个问题(可能是基本问题)。为了机器学习的目的,我试图标准化和标准化DICOM图像库,以确保所有图像具有相同的旋转并且具有相同的比例(例如以mm为单位)。我一直在玩Mango查看器,并且理解可以创建在这方面可能有用的转换矩阵。然而,我有以下基本问题:

  • 我原以为图像的缩放会改变图像标题中的像素间距。此标记是否不提供像素之间的距离,并且这不应该因缩放而改变吗?
  • 标准化图像库(最好是在python中)的最简单方法是什么?是否有可能并且应该提取所有图像的平均像素间距,然后缩放所有图像以匹配该平均值?或者是否有更智能的方法来确保缩放和旋转的一致性?

非常感谢,W

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

  

此标记是否不提供像素之间的距离,应该如此   不会因缩放而改变?

将图像体素视为固定的空间单位,即对图像进行采样。应用变换时,您将在这些固定的空间单位内平移/旋转/缩放图像。也就是说,体素的大小和形状不会改变。他们只是对图像的不同部分进行采样。

您可以通过使体素更大或更小或更改其形状(像素间距)来重新取样图像,但这可以与您应用于图像的变换无关。

  

标准化图像库的最简单方法是什么?   蟒)?

一个选项是FSL-FLIRT,虽然它只接受NIFTI格式的数据,因此您必须将DICOM转换为NIFTI。 FSL还有this Python接口。

  

是否有可能并且应该提取所有平均像素间距   图像,然后缩放所有图像以匹配这意味着什么?还是有一个   更智能的方法来确保缩放和旋转的一致性?

我认为您只是选择参考图像来注册所有其他图像。没有正确答案:选择最高分辨率的图像/体素尺寸或平均或某些重新采样到其他一组尺寸中听起来都合理。