Question

在下面awk我尝试将所有匹配的$4合并为一个$5（最多-），并平均{{1}中的所有值}}。为什么$7抱怨输出没有被伪造（即awk）。谢谢你:)。

输入（`/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/bedtools/30x/*30reads_perbase.txt'）

/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/bedtools/30x/${pref}_genes.txt

所需的输出

chr1    955543  955763  chr1:955543-955763  AGRN-6|gc=75    1   15
chr1    955543  955763  chr1:955543-955763  AGRN-6|gc=75    2   16
chr1    955543  955763  chr1:955543-955763  AGRN-6|gc=75    3   16
chr1    955543  955763  chr1:955543-955763  AGRN-6|gc=75    4   14 
chr1 976035 976270 chr1:976035-976270 AGRN-9|gc=74.5 1  28
chr1 976035 976270 chr1:976035-976270 AGRN-9|gc=74.5 2   27
chr1 976035 976270 chr1:976035-976270 AGRN-9|gc=74.5 3   27

AWK

chr1:955543-955763 4 AGRN 15
chr1:976035-976270 3 AGRN 27

当前输出

for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/30x/*30reads_perbase.txt ; do      bname=`basename "$f"`;      pref=${bname%%.txt};      awk '{k=$4 FS $5; a[k]+=$7; c[k]++}
 END{for(k in a)
 split(k,ks,FS);
 print ks[1],c[k],ks[2],a[k]/c[k]}' "$f" > /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/30x/"${pref}"_genes.txt; done

Answer 1

使用函数substr并在打印变量时匹配：

猫| awk＆＃39; {k = $ 4 FS $ 5;一个[K] + = $ 7; c [k] ++} END {for（k in a）split（k，ks，FS）; print ks [1]，c [k]，substr（ks [2]，0，match（ks [2] ＆＃34; - ＆＃34;） - 1），[K] / C [k]的}＆＃39;

chr1：955543-955763 4 AGRN 15.25

awk尝试使用输出作为输入和错误

1 个答案: