Question

我有一个很长的列表e2i，它将rownames“映射”为值，并且具有重复的rownames：

> head(e2i)
$`679594`
[1] "IPR019956"

$`679594`
[1] "IPR019954"

$`679594`
[1] "IPR019955"

$`679594`
[1] "IPR000626"

$`682397`
[1] "IPR019956"

$`682397`
[1] "IPR019954"

我需要将其转换为具有唯一rownames的列表，其中每个命名元素都是（命名或未命名）值的列表：

> str(mylist)
List of 2
 $ 679594:List of 3
  ..$ : chr "IPR019956"
  ..$ : chr "IPR019954"
  ..$ : chr "IPR019955"
 $ 682397:List of 2
  ..$ : chr "IPR019956"
  ..$ : chr "IPR019954"

我相信这是一个简短而优雅的解决方案。

至于长而丑陋的解决方案 - 我想我可以用这样的循环来做到这一点：

mytest = function(e2i) {
    result = list()
    for (e in names(e2i)) {
            # iterate all rownames, including duplicates
            if (e %in% names(result)) {
                    # convert existing element to a list (if not already a list),
                    # then append new value e2i[[e]] to that nested list
            }
            else {
                    # just add the value to the result
                    result = c(result, e2i[[e]])
            }
    }
    return(result)
}

最初数据在矩阵中，对于上面的循环解决方案草案，我将其用作输入：

> head(entrez2interpro_matrix)
  EntrezGene.ID Interpro.ID
1        679594   IPR019956
2        679594   IPR019954
3        679594   IPR019955
4        679594   IPR000626
5        682397   IPR019956
6        682397   IPR019954

Answer 1

你看过reshape包吗？

或者只使用unstack()：

> d
  EntrezGene.ID Interpro.ID
1        679594   IPR019956
2        679594   IPR019954
3        679594   IPR019955
4        679594   IPR000626
5        682397   IPR019956
6        682397   IPR019954
> unstack(d, Interpro.ID ~ EntrezGene.ID)
$`679594`
[1] "IPR019956" "IPR019954" "IPR019955" "IPR000626"

$`682397`
[1] "IPR019956" "IPR019954"

如何将具有非唯一rownames的列表转换为具有唯一rownames的（嵌套）列表？

1 个答案: