Question

我一直在尝试将data.frame的每一行保存在一个名为该特定行索引的文件中。

data.frame的结构基本上是这样的：

SUBMITTED_ID    SYMBOL  IMMUNE  CLASS   CELL_HUM    LOCATION_ARM    LOCATION_MIN    LOCATION_MAX
FBgn0000047  Act88F     control control control 3R  15439969    15442177
FBgn0000094  Anp    immunity    humoral AMP 3R  30209948    30210382
FBgn0000116  Argk   control control control 3L  9048781 9066027

到目前为止我得到的是：

import sys
import pandas as pd
import numpy as np

df = pd.read_csv(sys.argv[1])
df['NAME']= df['SUBMITTED_ID']+'-'+df['SYMBOL']+'-'+df['IMMUNE']+'-'+df['CLASS']+'-'+df['CELL_HUM']
df_indexed = df.set_index('NAME')
df_bed =df_indexed[['LOCATION_ARM','LOCATION_MIN','LOCATION_MAX']]
for index, row in df_bed.iterrows():
    np.savetxt(str(index)+'.bed', row, delimiter='\t', fmt="%s")

它有效，但它将行的每个值保存在单独的行中，如下所示：

3R
22034298
22038925

有人知道我在这里做错了什么吗？

谢谢，

略

Answer 1

如果您需要索引，请先reset_index，按values转换为ndarray，然后使用tofile：

for row in df_bed.reset_index().values:
    #print row
    row[1:].tofile(str(row[0])+'.bed', sep="\t", format="%s")

将pandas data.frame中的每一行复制到单个文件中

1 个答案: