Question

我正在尝试使用PVA和转换矩阵在R中运行模型。每当我运行一行并弹出文本编辑器电子表格时，我就可以编辑数据，但它不会关闭而只是冻结所以我必须关闭所有内容。我已经尝试了几次重启，但我无法让它工作，我需要能够运行这行代码。具体来说，当我运行“supplement_matrix＆lt; - make.supplement.matrix（num.stages）”这是我的代码：

library(popbio)
library(reshape2)
library(expm)
multiyear.stages <- read.csv('multiyear_stages_longform.csv')
head(multiyear.stages)
unique(multiyear.stages$Survey)
nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==1,])

nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==1&multiyear.stages$Stage==1,])

nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==2,])
nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==2&multiyear.stages$Stage==2,])
nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==1&multiyear.stages$Stage<=2,])

nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey<=2&multiyear.stages$Stage==1,])

nrow(multiyear.stages[multiyear.stages$Survey==2&multiyear.stages$Stage==2,])

plants<-dcast(multiyear.stages, ID~Survey, value.var="Stage", fill=-1,             
fun.aggregate=mean)
head(plants)

nrow(plants[plants$"1"==1&plants$"2"==2,]) 

nrow(plants[plants$"1"==1&plants$"2"==0,])

nrow(plants[plants$"1"==1&plants$"2"==1,])

nrow(plants[plants$"1"==1&plants$"2"==3,])

nrow(plants[plants$"1"==2&plants$"2"==0,])

nrow(plants[plants$"1"==2&plants$"2"==1,])

nrow(plants[plants$"1"==2&plants$"2"==2,])

nrow(plants[plants$"1"==2&plants$"2"==3,])

nrow(plants[plants$"1"==3&plants$"2"==1,])

nrow(plants[plants$"1"==3&plants$"2"==2,])

nrow(plants[plants$"1"==3&plants$"2"==3,])

nrow(plants[plants$"2"==-1&plants$"3"==1,])

nrow(plants[plants$"2"==1&plants$"3"==0,])

nrow(plants[plants$"2"==1&plants$"3"==1,])

nrow(plants[plants$"2"==1&plants$"3"==2,])

nrow(plants[plants$"2"==1&plants$"3"==3,])

nrow(plants[plants$"2"==2&plants$"3"==0,])

nrow(plants[plants$"2"==2&plants$"3"==1,])

nrow(plants[plants$"2"==2&plants$"3"==2,])

nrow(plants[plants$"2"==3&plants$"3"==3,])

nrow(plants[plants$"2"==3&plants$"3"==0,])

nrow(plants[plants$"2"==3&plants$"3"==1,])

nrow(plants[plants$"2"==3&plants$"3"==2,])

nrow(plants[plants$"2"==3&plants$"3"==3,])

nrow(plants[plants$"1"==3,])

A<-cbind(c(0.317,0.384,0.017), c(0.071,0.592,0.195), c(0.02,0.76,0.1))

N0<-c(40,136,38)
N0 %*% A

source('PVA_source.R')

num.stages<-3

num.iter<-50

num.years<-50

num.iter<-10

num.years<-10

quasi_extinction_threshold<-10

carrying_capacity<-1000

number_of_plants_in_year_1_Stage1 <-cbind(c(19), c(12), c(1))

transition_matrix<-cbind(c(0.317,0.384,0.017), c(0.071,0.592,0.195),    
c(0.02,0.76,0.1))

fertility <- c(2.475)

supplement_matrix <- make.supplement.matrix(num.stages)

以下是我正在使用的数据的链接

https://drive.google.com/file/d/0BwRwgnqxDOlxUWNyS25FYVpOZFk/view?usp=sharing

https://drive.google.com/file/d/0BwRwgnqxDOlxZXUzX2EwM2NOZEU/view?usp=sharing

Answer 1

很难诊断问题，因为我无法复制它（它对我来说运行正常）。但是，你可以解决它。

以下是PVA脚本冻结系统的功能：

make.supplement.matrix<-function(num.stages){
    supplement <- matrix(0,nrow=num.stages,,ncol=1,
            dimnames=list(paste('stage',1:num.stages),'Number of extra plants to plant each year')
        )
    supplement <- edit(supplement)
    supplement
}

不是使用它，为什么不运行：

supplement <- matrix(0,nrow=num.stages,,ncol=1,
        dimnames=list(paste('stage',1:num.stages),'Number of extra plants to plant each year')
    )

然后手动编辑（在您的脚本或交互式控制台中）任何您喜欢的补充矩阵？

文本编辑器不会在R中关闭和崩溃

1 个答案: