Question

大家好我正在尝试阅读基因组序列并搜索出现的任何10个字符重复。我想到的解决方案分为三个步骤：

阅读基因组序列ex：GAAAAATTTTCCCCCACCCTTTTCCCC
将字符串剪切成十个连续的序列，例如第一个新生成的字符串将是索引0-9，下一个字符串将是1-10,2-11,3-12 ...
将这些序列存储在ArrayList
比较字符串
返回重复的序列以及它们重复的次数。

我遇到的麻烦是如何从较旧和较大的字符串生成新字符串。如果我的基因组序列是AAAAGGGGGAAAATTTCCCC，那么我的前十个字符序列将是AAAAGGGGGA，下一个将是AAAGGGGGAA。我将如何在java中进行此操作？

这是我到目前为止所做的：

import java.util.List;
import java.util.ArrayList;

public class Solution
{
    public ArrayList<String> findRepeatedDnaSequences(String s) 
    {
        ArrayList<String> sequence = new ArrayList<String>();
        int matches;
        ArrayList<String> matchedSequence = new ArrayList<String>();
        for(int i = 0; i < s.length(); i++)
        {
            if (i + 9 > s.length())
            {
                sequence.add(s.substring(i, i + 9));
            }

        }
        for(int i = 0; i < sequence.size(); i++)
        {
            matches = 0;
            for (int j = 1; j < sequence.size(); j++)
            {
                if(sequence.get(i) == sequence.get(i))
                {
                    matches++;
                    System.out.print(matches);
                    matchedSequence.add(sequence.get(i));
                }
            }
        }
        return matchedSequence;
    }
}

Answer 1

如果您使用的是Java 8，则可以使用流来完成。遗憾的是，Stream API中缺少许多方法，这些方法存在于其他编程语言中，但我们仍然可以自己实现它们。所以使用这个答案的方法sliding：

How can I convert a Stream of Strings to Stream of String pairs?

您可以这样做：

String gseq = "AAAAACCCCCAAAAACCCCC";

Map<String, Long> count = StreamUtils.sliding(10, gseq.chars().boxed())
        .map(l -> new String(l.stream().mapToInt(n -> n).toArray(), 0, l.size()))
        .collect(Collectors.groupingBy(Function.identity(), Collectors.counting()));

这将生成一个地图，其中包含每个长度为10的子字符串的计数。

Answer 2

Following is the complete class that you are looking for. The code is pretty self explanatory.
package source;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Collections;
import java.util.List;
import java.util.zip.InflaterInputStream;

public class PatternFinding {

    //function to find the patterns
    public static List<String> stringMatcher(String str,int len){
        String string="";
        int count=1;
        List<String> list=new ArrayList<String>();
        for(int i=0;i+len<=str.length();i++){
            System.out.print(i);
            string="";
            count=1;
            char ch=str.charAt(i);
            string+=String.valueOf(ch);
            for(int j=i+1;j<str.length() && j<i+len;j++){
                System.out.println(" "+j);
                if(ch==str.charAt(j)){
                    count++;
                    string+=String.valueOf(str.charAt(j));
                }else{
                    break;
                }
            }
            System.out.println(string);
            if(count==len){
                list.add(string);
            }
        }
        return list;
    }

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader br=new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String text=br.readLine();
        //pass the length of your pattern as second arguement
        List<String> list=stringMatcher(text,5);

        //sorting the list
        Collections.sort(list);
        for(int i=0;i<list.size();i++){
            System.out.println(list.get(i));
        }

        //counting occurances
        for(int i=0;i<list.size();){
            String str=list.get(i);
            int lastIndex=list.lastIndexOf(str);
            System.out.println(str+" happens "+ (lastIndex-i+1)+" times");
            i=lastIndex+1;
        }

    }
}

通过剪切旧字符串构建一个新的字符串？（如果可以的话，Java代码）

3 个答案:

通过剪切旧字符串构建一个新的字符串？ （如果可以的话，Java代码）

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通过剪切旧字符串构建一个新的字符串？（如果可以的话，Java代码）