如何从XML文件中解析节点和边信息

时间:2016-02-15 10:38:27

标签: matlab xml-parsing

我是matlab中xml文件的新手。我想读取带有节点和边的xml文件(网络),以获取以下信息:

  1. 节点 ID,标签,人类可读标签,uniprot值
  2. 边缘 ID,标签,来源,目标
  3. 这是xml文件:

    </node>
    <node id="1696" label="Q13418">
        <att name="shared name" value="Q13418" type="string"/>
        <att name="name" value="Q13418" type="string"/>
        <att name="selected" value="0" type="boolean"/>
        <att name="Taxonomy ID" value="9606" type="string"/>
        <att name="Taxonomy Name" value="human" type="string"/>
        <att name="Human Readable Label" value="ILK" type="string"/>
        <att name="uniprotkb_accession" value="Q13418" type="string"/>
        <att name="uniprot" type="list">
            <att name="uniprot" value="Q68DZ3" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="B7Z1I0" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="ILK-1" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="ILK-2" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="B7Z418" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="ILK2" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="ILK" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="Q13418" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="ILK1" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="59 kDa serine/threonine-protein kinase"          type="string"/>
            <att name="uniprot" value="D3DQU0" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="p59ILK" type="string"/>
            <att name="uniprot" value="P57043" type="string"/>
        </att>
        <att name="psi-mi" type="list">
            --------
            --------
            --------
    </node>
    
    
    </edge>
    <edge id="1695" label="Q9NVD7 (EBI-6690276) P48059" source="1689" target="1694" cy:directed="1">
        <att name="shared name" value="Q9NVD7 (EBI-6690276) P48059" type="string"/>
        <att name="shared interaction" value="EBI-6690276" type="string"/>
        <att name="name" value="Q9NVD7 (EBI-6690276) P48059" type="string"/>
        <att name="selected" value="0" type="boolean"/>
        <att name="interaction" value="EBI-6690276" type="string"/>
        <att name="Author" type="list">
            <att name="Author" value="Zhang et al. (2002)" type="string"/>
        </att>
        <att name="Primary Interaction Type" value="association" type="string"/>
        <att name="Interaction Type" type="list">
            <att name="Interaction Type" value="association" type="string"/>
        </att>
        -----------
        -----------
        </graphics>
    </edge>
    

    我使用xml-read函数来读取文件。

    不幸的是我得到了这样的信息: enter image description here

    任何帮助都将非常感谢

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