Question

我有以下文件名，并希望将它们分组：

组别1：

C7_S6_L001.sorted.bam
C7_S6_L002.sorted.bam
C7_S6_L003.sorted.bam
C7_S6_L004.sorted.bam

第2组：

CL3_S8_L001.sorted.bam
CL3_S8_L002.sorted.bam
CL3_S8_L003.sorted.bam
CL3_S8_L004.sorted.bam

组3：

CL5-B1_S4_L001.sorted.bam
CL5-B1_S4_L002.sorted.bam
CL5-B1_S4_L003.sorted.bam
CL5-B1_S4_L004.sorted.bam

正则表达式如何查找它？

提前谢谢。

Answer 1

假设分组键是([A-Z0-9-_]+)_L\d{3}\.sorted\.bam之前的所有内容以及文件名开头的数字，您可以使用以下正则表达式使用保存组来捕获组密钥：

from collections import defaultdict
from pprint import pprint
import re

filenames = [
    "C7_S6_L001.sorted.bam",
    "C7_S6_L002.sorted.bam",
    "C7_S6_L003.sorted.bam",
    "C7_S6_L004.sorted.bam",

    "CL3_S8_L001.sorted.bam",
    "CL3_S8_L002.sorted.bam",
    "CL3_S8_L003.sorted.bam",
    "CL3_S8_L004.sorted.bam",

    "CL5-B1_S4_L001.sorted.bam",
    "CL5-B1_S4_L002.sorted.bam",
    "CL5-B1_S4_L003.sorted.bam",
    "CL5-B1_S4_L004.sorted.bam"
]

pattern = re.compile(r"([A-Z0-9-_]+)_L\d{3}\.sorted\.bam")
grouped = defaultdict(list)

for filename in filenames:
    match = pattern.search(filename)
    if match:
        key = match.group(1)
        grouped[key].append(filename)

pprint(grouped)

使用defaultdict collection的工作示例：

defaultdict(<class 'list'>,
            {'C7_S6': ['C7_S6_L001.sorted.bam',
                       'C7_S6_L002.sorted.bam',
                       'C7_S6_L003.sorted.bam',
                       'C7_S6_L004.sorted.bam'],
             'CL3_S8': ['CL3_S8_L001.sorted.bam',
                        'CL3_S8_L002.sorted.bam',
                        'CL3_S8_L003.sorted.bam',
                        'CL3_S8_L004.sorted.bam'],
             'CL5-B1_S4': ['CL5-B1_S4_L001.sorted.bam',
                           'CL5-B1_S4_L002.sorted.bam',
                           'CL5-B1_S4_L003.sorted.bam',
                           'CL5-B1_S4_L004.sorted.bam']})

打印：

f3e4e0468545: Pushed
656120ad8c56: Pushed
30f9a83f20f3: Pushed
78dbfa5b7cbc: Pushed
invalid checksum digest format

python正则表达式匹配文件名

1 个答案: