迭代字典

Question

在下面的代码中，我试图循环变量“Genome”，其中包含一段遗传密码。我正在初始化一个存储在变量“skew”中的数组，它保持了遗传字母的运行得分。例如，每次遇到“C”时我都希望skew [i]等于skew [i-1] -1，并且每次遇到“G”时我都希望skew [i]等于skew [i-1] +1。所以我基本上在一段遗传密码中保持G与C之比的得分。当我运行下面的代码时，我得到“Keyerror：23”。我知道Python在无法访问dict项目但是我不知道如何修复我的代码时抛出了一个keyerror。请帮忙!!

def skew(Genome):
    skew = {}
    n = len(Genome)
    skew[0] = 0
    for i in range(0,n):
        #skew[i] = skew[i-1]
        if Genome[i] == "G":
            for j in (1,n):
                skew[j] = skew[j-1]+1
        elif Genome[i] == "C":
            for j in (1,n):
                skew[j] = skew[j-1]-1  
        else:
            for j in (1,n):
                skew[j]=skew[j-1]
    return skew


Genome="CCGTTCTTCGCTCTAGTTACAGCG"


print skew(Genome) 

Answer 1

您应该将skew = {}更改为skew = []以初始化列表而不是字典。

为确保所有skew[j]无法访问列表边界，您可以初始化skew，如

skew = [0] * n

Answer 2

for j in (1,n)：您遗失了range。所以j立刻取值24并且你的代码中断了（j-1 = 23还没有在dict中）。更改为for j in range(1,n)。

Answer 3

这是一个简单的解决方案。我认为计算其他字母对的偏斜是有用的，所以我也加了。

delta是一个生成器表达式，用于确定更改（+ 1，-1,0）。 accumulate生成增量的运行总和。

import itertools as it

def skew(Genome, plus="G", minus="C"):
    delta = (1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome)
    return list(it.accumulate(delta))

skew(Genmome)  

返回

[-1, -2, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -3, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, 4, -4, -3, -4, -3]

修改 等效的Python 2.7解决方案：

def skew(Genome, plus="G", minus="C"):
    delta = [1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome]
    for i in range(1, len(delta)):
        delta[i] += delta[i-1]
    return delta