根据R

时间:2016-02-12 17:53:42

标签: r cluster-analysis dplyr

上下文:我有一些空间点数据(即lon / lat坐标),每个点都与日期相关联。我已经将聚类点聚集在一起,但我现在想要将这些聚类拆分成组,这样如果按日期排序,聚类是顺序的并组合在一起。日期可以有间隙,我只想在观察完全划分一个群体时切开,即它不仅仅是在边缘

基本上,考虑到以下clusterday字段,我想生成desired

   cluster day desired
1        1   1       1
2        1   1       1
3        1   2       1
4        1   4       1
5        2   6       2
6        2   7       2
7        2   8       2
8        1   8       3
9        3   9       4
10       3  12       4
11       3  12       4
12       2  12       5
13       2  14       5
14       3  18       6
15       3  19       6

这是一个完整的例子,注意空间坐标本质上是不相关的,我只是为了完整性而包含它们。另外,在我的实际数据集day中是一个日期对象,但为了简单起见,我使用了一个整数。

library(ggplot2)
pts <- data.frame(rbind(
  cbind(lon = rnorm(5, 0, 0.1), lat = rnorm(5, 0, 0.1), 
        day = c(1, 1, 2, 4, 8)),
  cbind(lon = rnorm(5, 1, 0.1), lat = rnorm(5, 1, 0.1), 
        day = c(6, 7, 8, 12, 14)),
  cbind(lon = rnorm(5, 1, 0.1), lat = rnorm(5, 0, 0.1), 
        day = c(9, 12, 12, 18, 19))
))
hc <- hclust(dist(pts[c("lon", "lat")]))
pts$cluster <- cutree(hc, k = 3)
ggplot(pts) +
  geom_text(aes(lat, lon, label = day, col = as.factor(cluster)))

first plot

我想要的分组是:

pts$desired <- c(1, 1, 1, 1, 3, 
                 2, 2, 2, 5, 5,
                 4, 4, 4, 6, 6)
ggplot(pts) +
  geom_text(aes(lat, lon, label = day, col = as.factor(desired)))

second plot

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

此解决方案由@docendodiscimus在原始问题的评论中提供。

library(dplyr)
pts <- pts %>% 
  arrange(day, desc(cluster)) %>% 
  mutate(new_cluster = cumsum(c(1L, diff(cluster) != 0)))
all.equal(pts$desired, pts$new_cluster)