Question

在尝试使用-baseout参数时，我一直在努力解决在HPC上运行Trimmomatic v.0.33的一些奇怪行为。

我的代码如下：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq \
-baseout mybaseoutname ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

Trimmomatic会运行，但奇怪的是，输出文件名将来自我脚本的其他部分（例如.fq，ILUMINACLIP，LEADING：3）。除了明确说明输出文件名之外，还有任何解决方法吗？

Answer 1

此错误的解决方案是在所需参数（如输入文件和修剪步骤）之前指定任何选项参数（即带有减号的那些参数）。

重新排列这样的参数，运行正常：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

Tony Bolger（Trimmomatic的创建者）在seqanswers上解释了这个错误：http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=46572&highlight=trimmomatic+baseout

Trimmomatic bug -baseout（以及其他可选参数）

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