我正在创建一个嵌入式Linux应用程序。我在Git中管理我的所有源文件，包括Linux内核源代码，根文件系统（rootfs）源代码，屋顶本身，我的应用程序源代码及其所有依赖库。我的rootfs由root拥有，并强制我在每次更新时使用sudo。对于初学者，我怀疑我没有以正确的方式做到这一点。我正在使用Git流程，直到现在我一直在致力于开发分支。我遇到了Git和root拥有的根问题，并通过在受影响的git命令上使用sudo解决了这些问题。同样，我认为这一定是不正确的，但我不知道还能做什么。我现在想要合并主分支和开发分支。我检查了主分支并收到了很多警告，例如：
警告：无法rmdir libs / lib：目录不为空
...
警告：无法取消链接/ system / rootfs / bin / busybox：权限被拒绝
...
第一个例子是Git模块。
第二个例子是rootfs中的root拥有文件。
然后我找到了建议我应该将master合并到开发中的说明。所以我试着再做一次结账回到开发阶段。使用sudo，我收到以下错误：
错误：结帐时会覆盖未跟踪的工作树文件：
系统/根文件系统/ bin中/ busybox的
...
中止
我的问题是，首先，我该如何回到我的开发分支。其次，在Git中管理rootfs的正确方法是什么？感谢。