好的，我承认我开始使用EGit时一定搞砸了。我开始使用Eclipse Galileo作为记事本编辑和命令行编译的一种受欢迎的替代方法。稍后我发现Git已经集成到Eclipse中，并且很高兴开始使用它。
我不记得所有细节，但似乎我犯了一个错误，这个错误已经从一台计算机传到另一台计算机上，一次Eclipse升级到另一台计算机。
我一直试图指定源文件位于项目子目录src中，并且它们的产品位于项目子目录bin中。 Git想要在bin中存档任何内容，以及在同一目录级别上项目元数据。
在过去，我一直专注于项目，我只是在各地散布gitignore文件，并在准备提交时点击“忽略”。但是现在由于Eclipse Kepler的问题导致该项目陷入停滞状态，我已经决定在升级到Eclipse Luna时尝试解决这些问题。
正如我所看到的，有三种选择：（1）想出一种分离各种目录的方法，（2）暴力将300多个奇怪的源文件复制并粘贴到一个新的，干净的目录结构中（复杂的是，目前有四个开放的Git分支和几个未提交的更改）或（3）复制当前的混乱并继续处理无关的“已更改”文件。
备选的第一号当然是最理想的。
有什么建议吗？
（后）
请耐心等待我。我是这个地方的新人。但在其他场所经验丰富，我在发布之前学会了搜索类似的问题。
我确实试图寻找类似的问题，但无济于事。我还注意到，在撰写我的问题时，出现了一些可能与之相关的其他问题。没有一个似乎适用，所以我忽略了它。当我回来看看是否有任何答案时，又有了清单，这次我找到了Eclipse + EGit: clone project into workspace。也许当我完成作曲时，它就在列表的顶部。我下次会知道。
我尝试了第一个建议，通过EGit从当前位置克隆到新位置。它似乎工作正常，但有一些事情缺失：只有指定的分支可用（不是MASTER），过去三年的广泛历史减少到克隆时的一个条目。
幸运的是，其他三个分支（包括MASTER）目前并不分歧。如果有必要，我可以再次手动创建它们 - 如果有某种方法可以恢复或显示克隆中的完整历史记录。
我并不惊讶地看到源中的几个未分阶段的更改不存在。我可以手动处理这些问题，但我想知道如果我在下次尝试克隆之前将它们分阶段会有所帮助吗？
（暂停这些更改可能会也可能不会。我对使用Eclipse Kepler的问题感到非常沮丧，几个月前放弃了尝试做更多的事情来解决问题。我没有记录问题，现在已经忘了他们是什么。我有一个模糊的记忆，试图提交当前的变化并遇到致命的错误。）
现在我认为我有一个更集中的问题 - 或者更确切地说是几个问题：
（1）当将Eclipse升级到新版本时，EGit是否克隆了在同一磁盘上继续现有项目的最简单方法？我应该只复制原始目录吗？我应该首先克隆到GitHub，然后从那里克隆回磁盘吗？
（2）我应该在克隆之前尝试暂存未提交的更改吗？
（3）为什么Git历史减少到一个条目？如果我让MASTER成为默认分支然后是什么，会有帮助吗？检查当前（相当冗长）的分支？或其他什么？
（4）我应该怎么做.project，.settings和其他配置文件？是否可以将它们复制到所需位置的新目录结构中？或者我应该记下所有设置并在Eclipse Luna中重建它们吗？