SciPy无法通过pip安装

Question

我尝试在SLURM环境下使用pip安装SciPy。 NumPy和其他一些python模块已经安装并正常工作。

然而，当我跑步时：

  

pip2.7 install --user --use-wheel scipy

或

  

pip2.7 install --user scipy

我总是得到一个巨大的文字墙，以：

结尾

  

错误：命令＆＃34; /sw/compiler/gcc-4.9.3/bin/gfortran -Wall -g -shared   -Wall -g -shared -shared build / temp.linux-x86_64-2.7 / scipy / integrate / _odepackmodule.o   -L / sw / env / gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8 / pkgsrc / 2015Q4 / lib -L ​​/ sw / env / gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8 / pkgsrc / 2015Q4 / lib -Lbuild / temp.linux -x86_64-2.7 -lodepack -lmach -llapack -lblas -lpython2.7 -lgfortran -o build / lib.linux-x86_64-2.7 / scipy / integrate / _odepack.so＆＃34;失败了   退出状态1

           

命令＆＃34; /sw/env/gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8/pkgsrc/2015Q4/bin/python2.7 -c   ＆＃34;导入setuptools，   标记化的文件 =＆＃39; /work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-build-fORQns/scipy/setup.py' ; EXEC（编译（GETATTR（标记化，   ＆＃39;打开＆＃39;，打开）（文件）。read（）。replace（＆＃39; \ r \ n＆＃39;，＆＃39; \ n＆＃39;） ，档案，   ＆＃39; EXEC＆＃39;））＆＃34;安装 - 记录   /work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-7oTcK5-record/install-record.txt   --single-version-external-managed --compile --user --prefix =＆＃34;失败，错误代码为1   /work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-build-fORQns/scipy

不幸的是，我不知道这应该告诉我什么......有什么想法吗？

Answer 1

你需要有C，C ++和fortran编译器以及BLAS / LAPACK库来编译scipy。最简单的选择可能是gcc + gfortran + prebuilt atlas，它应该可行。对于性能，尤其是线性代数，您可能需要考虑使用英特尔MKL或OpenBLAS。

Answer 2

而不是使用gfortran包，我建议通过科学包安装scipy： Python XY Anaconda (supports virtual env)