我正在关注这个名为IUTA的工具集，它需要创建路径字符的向量。
程序中的示例显示我必须执行以下操作：
## set the paths for the BAM file and GTF file
## notice that the gtf file contains correct gene_id information
bam.list.1<-system.file("bamdata",paste("sample_",1:3,".bam",sep=""),
package="IUTA")
bam.list.2<-system.file("bamdata",paste("sample_",4:6,".bam",sep=""),
package="IUTA")
transcript.info<-system.file("gtf","mm10_kg_sample_IUTA.gtf",
package="IUTA")
好的我试过了，但它没有为我的所有bam文件和我的gtf文件创建移动路径。
我遇到以下错误，当我尝试运行该程序时，因为它找不到也没有打开我的bam文件。
IUTA(bam.list.1, bam.list.2, transcript.info,
+ rep.info.1 = rep(1, length(bam.list.1)),
+ rep.info.2 = rep(1, length(bam.list.2)),
+ output.dir = paste(getwd(), "/IUTA", sep = ""),
+ output.na = TRUE,
+ genes.interested = "all")
All 8 cores on the machine will be used.
Preparing indices of bam files ......
open: No such file or directory
Error in FUN(X[[i]], ...) : failed to open SAM/BAM file
file: ''
我想知道究竟是什么，我做错了。此外，我正在使用外部硬盘驱动器，我也在该特定目录中。
非常感谢。
http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/iuta_pdf_manual_508.pdf