Question

我必须从5个单独的地图创建一个概率体素地图，这些地图是包含1或0的二进制地图。让我们称这些单独的地图 X1，X2，x3，X4，X5 。为了得到概率图，我做Y = (X1 + X2 + X3 + X4 + X5)/5。因此，每个体素将给出具有1作为该体素的值的各个地图的百分比。例如，如果Y中的体素值为0.4，则告诉我40％的单个地图（2个单独的地图）具有1作为该特定体素的值。我的问题是，当单个地图的数量增加时，我的脚本变得非常笨重。这就是我所拥有的

maindir=<where my individual maps are>
P={};
subj={'subj1','subj2','subj3','subj4','subj5'}

for a = 1:length(subj)
   indv_roi=spm_select('FPList',fullfile(maindir),sprintf('^%s.*\\.img$',subj{a}));
   P.(subj{a}) = spm_read_vols(spm_vol(indv_roi),1);
   P.(subj{a})(isnan(P.(subj{a})))=0;
end

Y = (P.subj1+P.subj2+P.subj3+P.subj4+P.subj5)/5

显然这是非常低效的。有没有人有如何改进我的代码的建议？谢谢。

Answer 1

我认为记忆是你的瓶颈？

不是将所有图像加载到内存然后计算平均值，而是可以在循环中添加体素贴图并在最后进行标准化。这样，在任何给定点只需要一个图像存储在内存中：

Y = init_empty_volume()

subj={'subj1','subj2','subj3','subj4','subj5'}

for a = 1:length(subj)
   indv_roi=spm_select('FPList',fullfile(maindir),sprintf('^%s.*\\.img$',subj{a}));

   X = spm_read_vols(spm_vol(indv_roi),1);
   X(isnan(X))=0;

   Y = Y + X;

end

Y = Y ./ length(subj)

使用init_empty_volume()我的意思是初始化具有正确尺寸的空矩阵，或者加载示例图像并乘以零，无论您的情况更容易。

改进内存效率低下的脚本

1 个答案: