Question

我有一个矩阵B.

dim(B)
> 3025 3025

当我尝试使用此矩阵来创建图形对象时，我收到了错误：

library(igraph)
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)

# Error in .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, 
# as.numeric(mode),  : 
# At vector.pmt:439 : cannot reserve space for vector, Out of memory

错误的原因是什么？这是R还是我的电脑的限制？

> sessionInfo()
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows Vista (build 6001) Service Pack 1

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] igraph_1.0.1

更新（在@Gabor评论之后）。我试图重现错误。我用过：

B <- matrix(runif(3025*3025, 0, 10), nc = 3025) 
#Error: cannot allocate vector of size 69.8 Mb
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)
object.size(B)
#73423056 bytes
object.size(g)
#395900 bytes

但错误有所不同。错误发生在库（igraph）的调用函数之前。然后我写了

B<-c()
>B
NULL
B <- matrix(runif(3025*3025, 0, 10), nc = 3025) 
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)
Error in .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, as.numeric(mode),  : 
  At vector.pmt:439 : cannot reserve space for vector, Out of memory
dim(B)
#[1] 3025 3025
object.size(B)
#73205112 bytes
object.size(g)
#395900 bytes

Answer 1

错误来自library(igraph)，始终来自graph.adjacency。
igraph针对稀疏图进行了优化，您的图是完整的图，因此这并不理想。
最重要的是，您需要更多内存。此图表需要大约300 MB的内存，显然你没有。

如果您未能创建object.size，我不确定如何致电g。

错误“失去记忆”的原因是什么？

1 个答案: