Question

我正在尝试使用普通克里金来使用R中的gstat或者自动包来根据预测变量空间预测动物将出现的数据。我有很多（超过100个）重复的坐标点，我不能抛弃它们多年来，台站被多次采样。每次我运行下面的代码进行普通克里金时，我都会得到一个LDL错误，这是由于重复点造成的。有没有人知道如何解决这个问题而不丢弃数据？我已经尝试了自动化软件包中的代码，该代码应该可以纠正重复项，但我无法解决这个问题。谢谢你的帮助！

coordinates(fish) <- ~ LONGITUDE+LATITUDE
x.range <- range(fish@coords[,1])
y.range <- range(fish@coords[,2])
grd <- expand.grid(x=seq(from=x.range[1], to=x.range[2], by=3), y=seq(from=y.range[1], to=y.range[2], by=3))
coordinates(grd) <- ~ x+y
plot(grd, pch=16, cex=.5)
gridded(grd) <- TRUE

library(gstat)
zerodist(fish) ###146 duplicate points
v <- variogram(log(WATER_TEMP) ~1, fish, na.rm=TRUE)
plot(v)
vgm()
f <- vgm(1, "Sph", 300, 0.5)
print(f)
v.fit <- fit.variogram(v,f)
plot(v, model=v.fit) ####In fit.variogram(v, d) : Warning: singular model in variogram fit

krg <- krige(log(WATER_TEMP) ~ 1, fish, grd, v.fit) 
## [using ordinary kriging]
##"chfactor.c", line 131: singular matrix in function LDLfactor()Error in predict.gstat(g, newdata = newdata, block = block, nsim = nsim,: LDLfactor

##automap code for correcting for duplicates
fish.dup = rbind(fish, fish[1,]) # Create duplicate
coordinates(fish.dup) = ~LONGITUDE + LATITUDE 
kr = autoKrige(WATER_TEMP, fish.dup, grd)
###Error in inherits(formula, "SpatialPointsDataFrame"):object 'WATER_TEMP' not found
###somehow my predictor variables are no longer available when in a Spatial Points Data Frame??

Answer 1

kr = autoKrige(WATER_TEMP~1, fish.dup, grd)期望公式作为第一个参数，尝试

{{1}}

Answer 2

automap对重复观察有一个非常简单的解决方法，那就是丢弃它们。所以，automap并没有真正解决你所遇到的问题。我看到了一些选择：

丢弃重复项。
稍微扰乱重复的坐标，使它们不再位于完全相同的位置。
使用gstat执行space-time kriging。

关于您的具体问题，请使您的示例可重现。我能猜到的是rbind对象的fish没有按照您的预期进行...

Answer 3

或者，您可以使用geoR包的jitterDupCoords函数。 https://cran.r-project.org/web/packages/geoR/geoR.pdf

在R中使用gstat或automap包时重复数据

3 个答案: