我遇到了一个制作while循环的问题（是的，我是新来的......）。
我有一个文件$ lines_to_find.txt，其中包含我想在另一个（大）文件$ file_to_search.fasta中找到的名称列表。 当在file_to_search.fasta中找到lines_to_find.txt中的行时，带有搜索命中的行我想打印到一个新文件：output_file.fasta。
所以我有一个类似于grep的命令，它接受序列（因为它是大文件中的什么），并将它们打印到一个新文件：
obigrep -D SEARCHWORD INPUTFILE.fasta＆gt; OUPUTFILE.fasta
现在我希望将searchword替换为文件lines_to_find.txt，并且每行应该被读取并与file_to_search.fasta匹配。输出最好是一个文件，包含文件lines_to_find.txt中所有行的序列命中。
我试过了：
读取行
做
obigrep -D'$ line'file_to_search.fasta＆gt;＆gt; outputfile.fasta
完成＆lt; lines_to_find.txt
但我的outputfile只返回空。
我做错了什么？ 我只是构建while读取循环错了吗？ 还有其他方法吗？
我对所有建议持开放态度，因为我是新手，请指出明显的乞讨者缺陷。