Question

我正在编写一个R包，除其他外，它定义了一个实际上是PHP脚本包装器的函数。让我们假设PHP脚本提供了一些在R中很难重新创建的功能，而且我的推理（在R中包装PHP脚本）是有道理的。

我目前正在将PHP脚本保存在一个单独的文件中，并通过系统调用运行它。

我的R函数/包装器看起来像这样：

wrapper <- function() {

  # I'm not entirely sure what the path to the PHP file should be
  php_file_name <- "magic_in.php"
  php_script_argument <- "hello, world"

  system_call <- sprintf('php -f "%s"', php_file_name, php_script_argument)
  system(system_call)

}

而magic_in.php文件如下：

<?php

    print($argv[1]."\n")

?>

但是这个解决方案很糟糕 - 系统调用仅在我当前工作目录中有PHP脚本时才有效。

我将包装器保存在~/simple_package/R/wrapper.R文件中，但我不确定在哪里存储PHP脚本。

我是否应该将PHP文件保存在~/simple_package/src目录中，然后使用一些专用的R函数调用它（对于C可执行文件，如.Call）？

Answer 1

有很多方法可以做到这一点。您可以将函数硬编码到脚本中，将其写入文件，通过带有参数的函数wrapper运行它（创建文件时隐含路径）并在之后进行清理。

更好的方法可能是将脚本放入/data并通过?system.file调用。

Answer 2

可能/data不是包脚本的最佳选择，/exec可能是更好的选择。

请参阅：

Is there any special functionality in R package “exec” or “tools” directories?

您也可以考虑使用system2：

对于某些语言（Python），CRAN中有一些特殊支持

rPython: Package Allowing R to Call Python

示例（使用system和system.file）：

http://r.789695.n4.nabble.com/exec-subdirectory-of-a-package-td924560.html

它由外部 R脚本命令行执行：

#!/bin/env Rscript

args <- commandArgs(TRUE)
if( length(args) < 2 ){
    stop( "usage : R CMD execute package script [parameters]\n" )
}
package <- args[1]
script <- args[2]
scriptfile <- file.path( system.file( "exec", script, package = package ) ) # <= path
if( !file.exists( scriptfile ) ){
    stop( sprintf( "file not found: '%s' ", scriptfile  ) )
}

trail <- if( length(args) > 2 ) paste( tail( args, -2 ), sep = " " ) else ""
cmd <- sprintf( '"%s" %s', scriptfile, trail )

system( cmd ) # <= or system2 ...

R扩展：在包中调用外部脚本

2 个答案: