Question

我想将四个.txt文件合并到一个唯一的文件中。然而，这个想法不是一个简单的连接，而是一个“交错”。在file1将是前三列和files 2-4的输入文件之间必须按后续顺序逐列粘贴。因此我们有：

file1：

file1 <- '  AX-1   1    125    
            AX-2   2    456
            AX-3   3    3445'
file1 <- read.table(text=file1, header=F)
write.table(file1, "file1.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

file2：

file2 <- '  AX-1   AA  AB  AA    
            AX-2   AA  AA  AB
            AX-3   BB  NA  AB'
file2 <- read.table(text=file2, header=F)
write.table(file2, "file2.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

file3：

file3 <- '  AX-1   0.20  -0.89  0.005    
            AX-2   0  -0.56  -0.003
            AX-3   1.2  0.002  0.005'
file3 <- read.table(text=file3, header=F)
write.table(file3, "file3.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

file4：

file4 <- '  AX-1   1  0  0.56    
            AX-2   0  0.56  0
            AX-3   1  0  0.55'
file4 <- read.table(text=file34, header=F)
write.table(file4, "file4.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

我预期的out文件可能类似于：

out <- 'AX-1   1    125  AA  0.2  1 AB -0.89 0 AA 0.005 0.56
        AX-2   2    456  AA  0   0 AA -0.56 0.56 AB -0.003 0
        AX-3   3    3445  BB  1.2  1 NA  0.002 0 AA 0.005 0.55'
out <- read.table(text=out, header=F)
write.table(out, "out.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

因此，在out中：列1-3是file1，列4,7 and 10来自file2，列5,8 and 11来自file3，6,9 and 12列来自file4。

我知道如何在R中执行此操作，但我的原始文件太大而且需要花费很多时间。如果有人知道如何直接在bash中执行它，我将不胜感激。

Answer 1

这应该有效：

$ join a1 a2 | join - a3 | join - a4 | awk '{printf "%s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n", $1, $2, $3, $4, $7, $10, $5, $8, $11, $6, $9, $12}'
AX-1 1 125 AA 0.20 1 AB -0.89 0 AA 0.005 0.56
AX-2 2 456 AA 0 0 AA -0.56 0.56 AB -0.003 0
AX-3 3 3445 BB 1.2 1 NA 0.002 0 AB 0.005 0.55

Answer 2

试试这个：

 paste file1 file2 file3 file4 | awk '{ print $1 " " $2 " " $3 " " $5 " " $9 " " $13 " " $6 " " $10 " " $14 " " $7 " " $11 " " $15 }'

如果你的文件有排序行，这是有效的，Mauro建议加入是更好的选择。

在bash

2 个答案: