Process.waitFor不等待

Question

我使用process.waitFor等待外部工具（CADD，计算生物学工具）在RHEL 6.6下进行一些计算

    String cmdStr = "CADD_v1.3/bin/score.sh input.vcf.gz output.vcf.gz"
    try {
        Process p;          
        p = Runtime.getRuntime().exec(cmdStr);
        int exitVal = p.waitFor();
        System.out.println("complete. Return value " + exitVal);
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }

    return;

代码打印立即完成，无需等待。退出值为0.并且计算甚至没有结束（它是在创建output.vcf.gz之后启动的，但输出文件始终为空）。

cmdStr本身在终端中运行正常。

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