Question

我正在使用phyloseq包。

test <- function( ...){

bar <- unique(sampleData[,'pH'])

foo <- subset_samples(phyloseqObject, pH == as.numeric(bar[1]@.Data))
print(foo)

}

test(pH)

我想将 pH 作为test()的参数传递，但unique()不会将其视为有效。我可以将'pH'传递给test()，但subset_samples()不会接受该效果。我试图将论证强制转换为几种不同的类型而没有运气。

子集样本的SORCE：

subset_samples <- function(physeq, ...){
    if( is.null(sample_data(physeq)) ){ 
        cat("Nothing subset. No sample_data in physeq.\n")
        return(physeq)
    } else {
        oldDF <- as(sample_data(physeq), "data.frame")
        newDF <- subset(oldDF, ...)
        if( class(physeq) == "sample_data" ){
            return(sample_data(newDF))
        } else {
            sample_data(physeq) <- sample_data(newDF)
            return(physeq)
        }
    }
}

Answer 1

请改为尝试：

test=function(x,...){
   bar=unique(mtcars[,x])
   foo=subset(mtcars,mtcars[,x]==bar[1])
   return(foo)
}

Answer 2

以@desc所说的为基础，我设法解决了这个问题：

test <- function(...){

    bar <- unique(sampleData[,...])

    foo <- subset_samples(phyloseqObject, eval(parse(bar@names)) == as.numeric(bar[1]))
    print(foo)

}

test('pH')

将参数传递给subset（）和unique（）

2 个答案: